未取得动物诊疗许可证从事动物诊疗活动的违法所得认定，主要依据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定来进行。以下是对此问题的详细解答：

一、违法所得的认定原则

根据《中华人民共和国动物防疫法》第八十一条第一款的规定，未取得动物诊疗许可证从事动物诊疗活动的，由动物卫生监督机构责令停止诊疗活动，并没收违法所得。这里的“违法所得”指的是从事非法动物诊疗活动所获得的全部收入，包括但不限于诊疗费、手术费、药品费等直接经济收益。

二、违法所得的处罚标准

1. 违法所得在三万元以上的情况：

   • 处罚措施：除没收违法所得外，并处违法所得一倍以上三倍以下罚款。
   • 法律依据：《中华人民共和国动物防疫法》第八十一条第一款。

2. 没有违法所得或者违法所得不足三万元的情况：

   • 处罚措施：并处三千元以上三万元以下罚款。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国动物防疫法》第八十一条第一款。

三、实际案例中的违法所得认定

在实际执法过程中，违法所得的认定通常基于调查取证的结果。例如，在南京市江北新区某宠物店未取得动物诊疗许可证从事动物诊疗活动案中，经调查，该宠物店在未取得许可证的情况下，对外开展动物绝育手术及外伤手术等经营性动物诊疗活动，违法所得被认定为3000元。最终，该宠物店被没收违法所得3000元，并处罚款5000元。

四、违法所得认定的注意事项

1. 全面调查：动物卫生监督机构在查处此类案件时，应全面调查取证，确保违法所得的认定准确无误。这包括查阅相关账目、票据、合同等证据材料。
2. 合理计算：在计算违法所得时，应合理扣除成本、税费等必要支出，以确保违法所得的认定公正合理。但需要注意的是，这里的“成本”并不包括因非法行为而产生的任何费用。
3. 及时处理：一旦发现未取得动物诊疗许可证从事动物诊疗活动的行为，动物卫生监督机构应及时立案查处，防止违法所得的进一步累积和扩大。

五、法律建议

对于未取得动物诊疗许可证而从事动物诊疗活动的机构或个人，我建议立即停止相关活动，并尽快向县级以上地方人民政府农业农村主管部门申请动物诊疗许可证。同时，对于已经获得的违法所得，应主动上缴，以避免更严重的法律后果。

如有任何关于医疗医患、侵权损害方面的法律问题，特别是涉及动物诊疗活动的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业、全面的法律建议。