商业用地性质改为特殊建设用地，是否需要处罚，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法变更情形
若商业用地性质改为特殊建设用地是经过合法程序进行的，包括但不限于取得相关政府部门的批准、完成土地用途变更登记等手续，且该变更符合城市规划、土地利用总体规划等相关法律法规的要求，那么这种变更就是合法的，不需要受到处罚。
二、非法变更情形
未经批准擅自变更：
- 如果商业用地性质改为特殊建设用地未经相关政府部门批准，擅自进行变更，那么这种行为就是违法的。根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规的规定，未经批准擅自改变土地用途的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。
违反规划变更：
- 即使取得了相关政府部门的批准，但如果变更后的土地用途违反了城市规划、土地利用总体规划等相关法律法规的要求，那么这种变更也是不合法的。在这种情况下，相关部门有权要求恢复土地原状，并可能对相关责任人进行处罚。
其他违法行为：
- 在变更过程中，如果存在其他违法行为，如伪造文件、贿赂官员等，那么这些行为也将受到法律的制裁。
三、法律建议
遵守法律法规：
- 在进行土地用途变更时，务必遵守相关法律法规的规定，确保变更的合法性和合规性。
咨询专业人士：
- 由于土地用途变更涉及复杂的法律程序和规定，建议在进行变更前咨询专业的律师或土地规划师，以确保变更的顺利进行。
及时办理手续：
- 如果决定进行土地用途变更，应及时向相关政府部门申请并办理相关手续，避免因拖延而导致的不必要的法律风险。
如有任何关于土地用途变更的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。