民事公益诉讼案件执行违法，一般由检察机关的民事行政检察部门负责管理。以下是对此问题的详细分析：

一、民事行政检察部门的职责

在我国，检察机关内部通常设有民事行政检察部门，该部门的主要职责之一就是监督民事和行政法律的执行过程，并处理与这些领域相关的公益诉讼案件。当民事公益诉讼案件在执行过程中出现违法行为时，该部门会依法进行监督和管理。

二、民事公益诉讼案件执行违法的处理

1. 监督与检察建议：

   • 检察机关在履行职责过程中，如果发现行政机关在民事公益诉讼案件执行中存在违法行使职权或不作为的情况，会向该行政机关提出检察建议，督促其依法履行职责。

2. 提起诉讼：

   • 如果行政机关在收到检察建议后，仍不依法履行职责，检察机关有权依法向人民法院提起诉讼，以维护社会公共利益。

三、特殊情况与变动

• 部门名称与职责变动：随着我国司法制度的不断改革以及检察院内部组织架构的调整，民事行政检察部门的名称及其职责范围也有可能发生相应的变动。因此，在实际操作中，应以当地检察院的实际情况为依据。
• 跨区域管辖：在特定情况下，如管辖权的公民检察院因某些特殊原因无法实际行使其管辖权，上级民众检察院有权指派本区域内其他试点地区的公民检察院来接手此案。

四、法律依据

• 根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，人民检察院在履行职责中发现生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域负有监督管理职责的行政机关违法行使职权或者不作为，致使国家利益或者社会公共利益受到侵害的，应当向行政机关提出检察建议，督促其依法履行职责。行政机关不依法履行职责的，人民检察院依法向人民法院提起诉讼。

建议：

• 如果您发现民事公益诉讼案件在执行过程中存在违法行为，可以向当地检察机关的民事行政检察部门反映情况，他们会依法进行监督和处理。
• 同时，您也可以关注相关法律法规的更新和变动，以便更好地了解和维护自己的合法权益。

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