结论前置：
- 若合同实际结算超过政府采购限额且未履行法定程序，可能违反《中华人民共和国政府采购法》的相关规定，构成违法采购行为。
- 若合同实际结算超过政府采购限额但已履行法定程序并获得批准，则可能不构成违法，但需关注合同条款的合法性和合规性。
详细分析：
一、违反政府采购法规定的情况
根据《中华人民共和国政府采购法》的相关规定，政府采购应当遵循公开透明、公平竞争、公正和诚实信用的原则，并严格按照规定的采购方式和程序进行。若合同在签订时约定的合同价未超过政府采购限额，但在实际结算时超过了该限额，且未按照法定程序进行采购（如未重新进行招标、未获得相关部门的批准等），则可能构成违法采购行为。
- 违法采购行为的法律后果：根据《中华人民共和国政府采购法》第七十七条，供应商有下列情形之一的，处以采购金额千分之五以上千分之十以下的罚款，列入不良行为记录名单，在一至三年内禁止参加政府采购活动，有违法所得的，并处没收违法所得，情节严重的，由工商行政管理机关吊销营业执照；构成犯罪的，依法追究刑事责任：……（六）擅自变更、中止或者终止政府采购合同的。虽然该条款直接针对的是供应商，但采购人若未按规定程序进行采购，导致合同实际结算超过限额，也可能面临相应的法律责任，如行政处分等。
二、不构成违法但需关注合规性的情况
若合同在实际结算时超过了政府采购限额，但已按照法定程序进行了采购（如重新进行了招标、获得了相关部门的批准等），则可能不构成违法采购行为。然而，在这种情况下，仍需关注合同条款的合法性和合规性，确保合同内容不违反法律法规的强制性规定。
- 合同条款的合法性和合规性：即使合同实际结算超过了政府采购限额，但只要合同条款本身合法、合规，且双方当事人在签订合同时均出于自愿、平等、公平的原则，那么该合同在民事法律关系上仍然是有效的。但需注意，超过限额的部分可能受到更严格的监管和审查。
三、建议与措施
- 对于采购人：应严格按照政府采购法的规定进行采购，确保合同价和实际结算价均不超过政府采购限额。若因特殊原因需要超过限额，应提前履行法定程序并获得相关部门的批准。
- 对于供应商：在参与政府采购项目时，应仔细审查合同条款和采购程序，确保自身权益不受损害。若发现采购人存在违法采购行为，应及时向相关部门举报并维护自身合法权益。
- 对于双方：在合同履行过程中，应保持沟通畅通，及时解决可能出现的问题和纠纷。若因合同实际结算超过限额而引发争议，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
四、进一步思考
在实际操作中，政府采购限额的设定和调整可能受到多种因素的影响，如市场价格波动、政策调整等。因此，采购人和供应商在签订合同时应充分考虑这些因素，并制定相应的风险应对措施。同时，相关部门也应加强对政府采购活动的监管和审查力度，确保政府采购活动的合法性和合规性。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。