夫妻双方签订的分居协议，在符合一定条件下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
一、分居协议有效的条件
主体合格：
- 协议双方必须具有完全民事行为能力，即能够完全理解并承担协议所带来的法律后果。这是协议有效的基本前提。
意思表示真实：
- 分居协议必须建立在双方自愿、平等的基础上，任何欺诈、胁迫或乘人之危等情况下签订的协议都可能导致无效。双方应确保协议内容是真实意愿的表达。
内容合法：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，协议中不得约定违反婚姻自由、一夫一妻等基本原则的内容，也不得免除对子女的抚养义务等。
形式适当：
- 虽然法律没有明确规定分居协议必须采用书面形式，但为了确保其法律效力，建议采用书面形式，并由双方签字确认。书面形式更有利于固定证据和明确双方权利义务。
二、分居协议的内容建议
为了确保分居协议的法律效力，建议在签订时明确以下内容：
双方的基本信息：
- 包括姓名、身份证号码、联系方式等，以便确认协议主体的身份。
分居的合意：
- 明确双方是在平等自愿的情况下就分居达成合意，并说明分居的原因和目的。
财产约定：
- 对分居期间的财产进行明确约定，包括共同财产的分割、债务的处理等。这有助于避免未来因财产问题产生纠纷。
子女抚养：
- 明确子女的抚养权归属、抚养费用的承担以及探视权等问题。这有助于保障子女的合法权益。
分居期限：
- 虽然法律没有明确规定分居期限，但建议双方在协议中明确分居的起止时间，以便未来在离婚诉讼中作为证据使用。
生效条件：
- 明确协议的生效条件，例如双方签字即生效或需经过公证等程序。
三、分居协议的证明作用
在离婚诉讼中，分居协议书可以作为证明双方分居时间、分居期间财产约定等事实的证据。但需要注意的是，分居协议书本身并不能直接作为离婚的依据，而是作为辅助证据来证明夫妻感情确已破裂等离婚条件。
四、特殊情况下的无效条款
- 协议中涉及限制婚姻自由等配偶人身权益的条款可能被视为无效。例如，约定一方在分居期间不得再婚或不得与他人同居等条款，可能因违反法律法规或公序良俗而被认定为无效。
总结与建议：
夫妻双方签订的分居协议，在满足合同有效性的基本要求下具有法律效力。为了确保协议的有效性和可执行性，建议采用书面形式并签字确认，同时明确约定相关事项。若在协议履行过程中产生纷争，法院将根据实际状况对该协议的效力及执行情况进行全面深入地分析评估。因此，在签订分居协议时，双方应谨慎考虑并咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。