由用人单位赔偿，主要是基于工伤保险制度和用人单位的法定责任。以下是对这一结论的详细分析：
一. 工伤保险制度的规定
- 用人单位的缴费责任：根据《工伤保险条例》第二条，中华人民共和国境内的各类企业、有雇工的个体工商户应当依照本条例规定参加工伤保险，为本单位全部职工或者雇工缴纳工伤保险费。这意味着用人单位有义务为其员工缴纳工伤保险，以保障员工在发生工伤时的权益。
- 工伤保险的赔付：当员工发生工伤时，根据工伤保险制度，员工有权获得相应的工伤保险赔付，包括医疗费用、康复费用、伤残津贴等。这些赔付通常由工伤保险基金承担，但前提是用人单位已经为员工缴纳了工伤保险。
二. 用人单位的法定责任
- 无过错责任原则：在工伤赔偿中，通常遵循无过错责任原则，即无论用人单位是否存在过错，只要员工在工作时间和工作场所内因工作原因受到伤害，用人单位都应承担赔偿责任。
- 用人单位的直接赔偿责任：即使用人单位为员工缴纳了工伤保险，但在某些情况下，如工伤保险赔付不足或未覆盖的部分，用人单位仍需承担直接的赔偿责任。例如，对于员工因工伤导致的精神损害赔偿、停工留薪期间的工资等，可能需要由用人单位直接支付。
三. 实际案例的说明
- 例如，某员工在工厂操作机器时受伤，被认定为工伤。虽然该员工获得了工伤保险的赔付，但由于伤残程度较重，工伤保险赔付的金额无法完全覆盖其医疗费用和后续康复费用。在这种情况下，用人单位需要承担剩余的赔偿责任，以确保员工的权益得到充分保障。
综上所述，由用人单位赔偿主要是基于工伤保险制度和用人单位的法定责任。用人单位有义务为员工缴纳工伤保险，并在员工发生工伤时承担相应的赔偿责任。这一制度设计旨在保障员工的权益，促进社会的和谐稳定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。