公司应对丢失个人重要证件承担相应责任，并协助补办。员工有权要求赔偿，并可通过法律途径维权。
一. 公司的责任与义务
妥善保管责任：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，公司作为用人单位，有责任妥善保管员工的证件，包括毕业证书、身份证等重要个人证件。如果公司未能履行这一义务，导致员工证件丢失，应承担相应的责任。
协助补办义务：一旦员工的证件丢失，公司应积极协助员工补办相关证件。这包括但不限于提供必要的证明材料、联系学校或相关机构等，以确保员工能够顺利补办到相关证件，减少对员工工作和生活的影响。
二. 员工的权益与维权途径
要求赔偿：因公司过失导致员工证件丢失，员工有权要求公司承担相应的赔偿责任。具体赔偿金额可参考类似案例，并与公司协商确定。
法律途径维权：如果公司拒绝承担责任或未能妥善解决问题，员工可以通过法律途径维护自己的权益。具体做法包括：
申请调解：向劳动争议调解委员会申请调解，寻求双方都能接受的解决方案。
申请仲裁：调解不成时，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，由仲裁机构依法作出裁决。
提起诉讼：对仲裁裁决不服的，或者仲裁机构不予受理的，可以向人民法院提起诉讼，通过诉讼程序解决纠纷。
三. 补办证件的具体流程
以补办毕业证书为例，具体流程如下：
登报声明：在市级及以上期刊的报纸上刊登一个毕业证作废的声明，内容需要写清楚毕业证书的编号（可从毕业证的复印件中找到）。
填写补办申请表：登陆所毕业学校的网站，下载并打印一份学历毕业证书补办申请表，然后进行填写。
准备相关材料：
将登报声明作废的报纸期刊相关内容从报纸上剪下来，贴到补办申请表的指定位置。
贴上自己的身份证复印件。
准备一张个人近期的免冠照片。
提交申请：将上述材料提交到所毕业学校的教务办公室，并同时提交一份办理毕业证明书的个人申请，内容应包括自己的入学年份、专业等详细信息。
等待审核与领取：等待所毕业学校教务办的审核通知，审核通过后，即可领取学历证明书。这份学历证明书与原来的毕业证书具有同等的法律效力。
我建议：员工在发现证件丢失后，应尽快与公司沟通，明确公司的责任和义务，并要求公司协助补办证件和赔偿损失。如果公司不予配合，员工应及时通过法律途径维护自己的权益。同时，员工也应加强自我保护意识，妥善保管好自己的重要证件，避免类似情况的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。