一般情况下，因台风影响公司放假却扣年假的做法是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律依据角度

根据《职工带薪年休假条例》第五条规定，单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。这意味着年休假的安排需要单位考虑生产情况以及员工意愿。因台风等不可抗力因素导致的放假，并非员工主动申请休假，公司强行扣年假的做法不符合该条例规定，损害了员工的合法权益。同时，政府发布的消息通常是建议或要求企业在台风期间保障员工安全、合理安排工作或放假等，并非赋予企业扣员工年假的权力。所以，在这种情况下，公司扣年假的行为缺乏法律依据。

特殊情况角度

如果公司的规章制度或劳动合同中明确约定了在类似不可抗力因素导致的停工、放假等特殊情况下，公司有权安排员工休年假，并且员工知晓并认可该规定，那么公司扣年假的行为可能具有一定的合理性。但前提是公司已提前告知员工相关规定，且在后续的工作安排中，合理考虑员工的年休假权益，不能过度损害员工的利益。

员工应对措施角度

如果员工认为公司扣年假的行为不合法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与公司沟通协商：首先，员工可以与公司进行沟通协商，要求公司纠正该行为，明确表达自己的诉求和依据。
2. 向劳动监察部门投诉举报：如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，劳动监察部门会依法进行调查处理。
3. 通过劳动仲裁、诉讼等方式维权：员工还可以通过劳动仲裁、诉讼等方式维护自己的合法权益。在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需要提供相关证据，如公司扣年假的通知、劳动合同、规章制度等，以证明公司的行为不合法。

举例说明：假设某公司因台风影响放假一周，期间公司决定扣除员工的年假。如果公司没有提前在规章制度或劳动合同中约定此类情况可以扣年假，且员工也不认可该做法，那么公司的行为就可能不合法。员工可以先与公司沟通，要求公司恢复年假或给予相应的补偿；如果公司拒绝，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

综上所述，因台风影响公司放假却扣年假的做法在一般情况下是不合法的。如果员工遇到此类情况，可以根据自己的实际情况采取相应的应对措施来维护自己的合法权益。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。