结论：在交通运输领域，若车辆被暂扣且查没违法，车主通常有权主张停运损失费，但需满足一定条件并遵循相应程序。
一、法律依据与停运损失费的主张
根据相关法律规定，因交通事故或其他原因导致车辆被扣留，且在扣留期间车辆无法正常运营的，车主有权主张相应的停运损失费。停运损失费一般根据车辆的营运收入、扣车时间等因素来计算。这一规定旨在保护车主的合法权益，确保其在车辆无法运营期间的经济损失得到合理补偿。
二、主张停运损失费的条件与证据
- 营运证明：车主需提供车辆的营运证明，如营运许可证等，以证明车辆具有营运资格。
- 实际损失证明：车主还需提供扣车期间实际损失的证明，如因停运导致的订单减少、客户流失等方面的证据。这些证据应具体、详实，能够充分反映车主因车辆被扣留而遭受的经济损失。
三、实际操作中的困难与解决措施
- 证据收集难度：在实际操作中，车主可能面临证据收集难度较大的问题。例如，订单减少、客户流失等损失可能难以直接量化。为解决这一问题，车主可以尽量保留与客户的沟通记录、订单合同等证据，以便在主张停运损失费时提供有力支持。
- 赔偿标准不明确：停运损失费的赔偿标准可能因地区、案件性质等因素而有所不同。车主在主张停运损失费时，应了解当地的相关规定和判例，以便合理确定赔偿金额。
四、协商与法律途径
- 协商：若车主认为自己的停运损失费应当得到赔偿，建议首先与相关方（如保险公司、责任方等）进行协商。在协商过程中，车主应明确阐述自己的停运损失情况及依据，争取双方达成一致。
- 法律途径：若协商不成，车主可以通过法律途径解决争议。具体而言，车主可以向法院提起诉讼，要求相关方赔偿停运损失费。在诉讼过程中，车主应提供充分的证据支持自己的主张，并配合法院的调查和审理工作。法院将根据具体情况进行公正的判断和裁决。
五、特殊情况下的处理
若车辆被暂扣且查没违法是由于车主自身的违法行为导致的（如超载、无证驾驶等），则车主在主张停运损失费时可能会面临一定的法律障碍。在这种情况下，车主应首先反思自己的行为并承担相应的法律责任。若车主认为扣留行为存在不当之处或赔偿金额不合理，可以通过法律途径进行维权，但需注意提供充分的证据支持自己的主张。
建议：若您面临此类问题，建议及时收集并保留相关证据，与相关方进行协商，并在必要时寻求法律援助。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。