针对您提出的“投标甲方代表评分过高怎么处理”这一问题，结合相关法律法规及实际案例，以下是我的详细解答：

一、问题识别与确认

首先，需要确认甲方代表（即招标人代表）在评标过程中是否存在评分畸高畸低的行为。这通常可以通过对比各投标单位的得分情况、查阅评标记录及评分表等方式进行初步判断。若发现某位或某几位招标人代表对某些投标单位的评分显著高于或低于其他评标成员，且这种差异无法用合理的解释来支撑，则可能构成评分畸高畸低。

二、法律依据与违规认定

根据《中华人民共和国招标投标法》第四十四条及《中华人民共和国招标投标法实施条例》第四十九条的规定，评标委员会成员应当客观、公正地履行职务，遵守职业道德，对所提出的评审意见承担个人责任。若招标人代表在评标过程中存在不客观、不公正的行为，如评分畸高畸低，则违反了上述法律法规。

三、处理流程与措施

1. 内部审查与调查：

   • 招标人（如案例中的奈曼旗某中学）应首先进行内部审查，确认评标过程中是否存在违规行为。
   • 若确认存在评分畸高畸低的情况，应进一步调查原因，包括但不限于评标标准理解偏差、个人偏见、利益输送等。

2. 问题整改与纠正：

   • 根据调查结果，招标人应依照法定程序对评标结果进行纠正。这可能包括重新评标、调整评分或宣布评标结果无效等。
   • 同时，招标人应向相关监管部门报告违规情况，并接受监管部门的指导和监督。

3. 责任追究与处罚：

   • 对于违规的招标人代表，招标人应依据内部规章制度给予相应的处罚，如批评教育、取消年度评优资格等。
   • 若违规行为严重，涉及违法违纪的，还应依法追究相关责任人的法律责任，如给予行政警告处分等。

四、预防与改进措施

为避免类似问题再次发生，招标人应采取以下预防与改进措施：

1. 加强评标培训：定期对评标委员会成员进行培训，提高其对评标标准和方法的理解和掌握能力。
2. 完善评标制度：建立健全评标制度，明确评标程序、标准和责任，确保评标过程的公正性和透明度。
3. 强化监督与检查：加强对评标过程的监督和检查，及时发现并纠正违规行为。
4. 建立反馈机制：建立投标人对评标结果的反馈机制，及时收集和处理投标人的意见和建议。

五、案例参考

以奈曼旗某中学招标人代表评分畸高畸低行为处理案例为例，该案例中招标人代表因违反相关法律法规被给予行政警告处分、批评教育并取消年度评优资格。这一案例充分说明了对于评标过程中违规行为的严肃处理态度和决心。

综上所述，针对投标甲方代表评分过高的问题，应首先进行问题识别与确认，然后依据相关法律法规进行违规认定和处理，最后采取预防与改进措施以避免类似问题再次发生。