处理医废的公司收费是合法的。以下是对此结论的详细分析：

一. 法规支持

1. 《医疗废物管理条例》规定：根据《医疗废物管理条例》（国务院令第380号）第三十一条，医疗废物集中处置单位处置医疗废物，按照国家有关规定向医疗卫生机构收取医疗废物处置费用。这一条例明确了医疗废物处理公司收费的法律基础。
2. 地方性法规进一步细化：如广东省的《关于医疗废物集中处置收费管理问题的通知》以及重庆市的《重庆市医疗废物处置收费管理办法》等地方性法规，均对医疗废物处置收费进行了具体规定，包括收费原则、收费标准制定、收费方式等，进一步确认了收费的合法性。

二. 收费合理性

1. 成本补偿：医疗废物处理过程涉及收集、运输、贮存和处置等多个环节，需要专业的设施、设备和技术支持，成本较高。收费有助于补偿这些成本，确保处理工作的正常进行。
2. 风险防控：处理医疗废物存在较大的责任和风险，一旦处理不当可能引发公共卫生事件。收费可以用于加强安全管理与风险防控，降低风险发生概率。

三. 收费原则与监管

1. 定价合理：收费标准需通过合理成本核算，并经物价部门等相关机构审核制定，确保定价的合理性。
2. 服务透明：处理企业应明确服务内容、质量标准及收费明细，让付费方清楚知晓费用构成。
3. 监督管理：政府相关部门应加强对收费行为的监督检查，防止乱收费、强制收费等违法违规现象，保障市场秩序和各方合法权益。

综上所述，处理医废的公司收费是合法的，且这一收费行为在法规支持、成本补偿、风险防控以及合理的收费原则与监管下得以正当进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。