当行政罚款的额度超过了企业的注册资金时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们要明确行政处罚的性质。行政处罚是行政机关依据法律，对违反行政管理秩序的公民、法人或其他组织所给予的制裁。在作出行政处罚时，行政机关应当遵循合法和适当的原则，确保处罚的公正性和合理性。

若行政处罚的金额超出了企业的注册资金，企业应当首先审查该处罚的依据和程序是否合法。这包括检查行政机关是否依法行使了处罚权，处罚决定是否基于充分的事实和法律依据，以及处罚程序是否符合法定要求。

如果经过审查，企业认为行政处罚的依据和程序都是合法的，那么企业应当按照处罚决定履行自己的义务，及时缴纳罚款。这是企业作为法人应尽的法律责任。

然而，如果企业认为行政处罚存在明显的不妥之处或违法情况，那么企业有权通过行政复议或行政诉讼等法定程序来寻求救济。在行政复议或行政诉讼过程中，企业需要妥善保存相关证据，以支持自己的主张。这些证据可能包括行政处罚决定书、相关法律法规、企业财务状况证明等。

此外，我还想提醒您的是，如果企业到期不缴纳罚款，行政机关可能会按照每日罚款数额的3%加处罚款。因此，企业应当尽量避免因拖延缴纳罚款而增加不必要的经济负担。

最后，如果企业确实面临资不抵债的情况，且无法通过其他方式解决罚款问题，那么企业可以考虑申请破产保护。但这是一个极端的解决方案，需要企业在全面考虑自身实际情况和法律后果后做出决定。

综上所述，当行政罚款超过企业注册资金时，企业应当首先审查处罚的合法性和合理性，然后根据实际情况采取相应的措施来应对。希望这些解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。