公安机关追缴未交纳的款项，是否应当申请法院执行，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、追缴款项的性质与执行主体
行政处罚中的罚款：
- 若公安机关在行政处罚中决定对违法行为人处以罚款，而违法行为人未按时交纳，根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，作出行政处罚决定的行政机关（在此为公安机关）有权采取一系列执行措施，包括但不限于加处罚款、将查封、扣押的财物拍卖或者将冻结的存款划拨抵缴罚款等。
- 在特定情况下，如当事人逾期不履行且行政机关没有强制执行权时，行政机关可以申请人民法院强制执行。但需注意，这并非公安机关追缴罚款的常规手段，而是特定情形下的救济途径。
刑事案件中的赃款赃物追缴：
- 在刑事案件中，若公安机关追缴的是赃款赃物，其执行依据是刑事判决或裁定。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，对于判决中确定的追缴、退赔等财产性判项，一般由第一审人民法院负责裁判执行的机构执行。
- 公安机关在此过程中主要承担的是侦查、扣押等前期工作，而非直接申请法院执行。但公安机关需配合法院执行工作，如提供相关证据、协助查找财产等。
二、申请法院执行的条件与程序
条件：
- 无论是行政处罚中的罚款还是刑事案件中的赃款赃物追缴，若需申请法院执行，通常需满足以下条件：一是存在合法有效的执行依据（如行政处罚决定书、刑事判决书等）；二是被执行人未履行执行依据所确定的义务；三是已穷尽其他执行手段而无效。
程序：
- 若公安机关决定申请法院执行，需按照法定程序进行。这通常包括向法院提交执行申请书、执行依据及相关证据材料；法院受理申请后，会进行审查并决定是否立案执行；立案后，法院会采取一系列执行措施，如查询、冻结、划拨被执行人的财产等。
三、实际操作中的建议
对于行政处罚中的罚款：
- 公安机关应首先尝试通过加处罚款、拍卖查封扣押财物等手段进行追缴。
- 若上述手段无效，且符合申请法院执行的条件，公安机关可以依法向法院申请强制执行。
对于刑事案件中的赃款赃物追缴：
- 公安机关应积极配合法院执行工作，提供必要的协助和支持。
- 若发现被执行人有可供执行的财产而未被法院查封、扣押的，应及时向法院报告并协助执行。
总结来看，公安机关追缴未交纳的款项是否应当申请法院执行，需根据款项的性质（行政处罚罚款还是刑事案件赃款赃物）以及具体情况来判断。在实际操作中，公安机关应依法行使职权，积极采取执行措施，并在必要时依法申请法院执行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。