医疗事故中，法院判决医院承担50%责任时，赔偿费用原则上由医疗机构支付。具体分析如下：

一、赔偿费用支付主体的一般规则

根据《民法典》第一千二百一十八条及医疗纠纷处理实践，赔偿费用支付主体通常与事故责任归属直接相关：

1. 医疗机构全责时：赔偿费用由医疗机构用自有资金支付，包括医院运营资金等。
2. 医疗机构部分责任时：如法院判决医院承担50%责任，则医院需按比例支付相应赔偿款，剩余部分若涉及其他责任方（如药品生产者），由患者另行主张。
3. 多机构共同过错时：若医疗事故由多个医疗机构共同造成，各机构需按过错程度分担赔偿费用。

二、特殊情形下的支付主体

1. 药品、器械缺陷导致的事故：

   • 若医疗事故因药品、消毒药剂、医疗器械缺陷或输入不合格血液造成，患者可向医疗机构或生产者/血液提供机构请求赔偿。
   • 医疗机构赔偿后，若属于第三方责任（如药品生产者），医疗机构有权向第三方追偿。

2. 医疗责任保险覆盖时：

   • 若医疗机构购买了医疗责任保险，且事故符合保险合同约定，赔偿费用可由保险公司在保险范围内支付。

三、赔偿费用的支付流程

1. 确定赔偿项目与金额：

   • 依据《医疗事故处理条例》第五十条，赔偿项目包括医疗费、误工费、住院伙食补助费、陪护费、残疾生活补助费等。
   • 赔偿金额根据责任程度（如法院判决的50%责任）和相应标准计算。

2. 达成赔偿协议：

   • 医患双方可自行协商赔偿事宜，协商一致后签订赔偿协议。
   • 若协商不成，患者可申请卫生行政部门调解，或直接向人民法院提起民事诉讼。

3. 支付赔偿款：

   • 医疗机构根据协商、调解结果或法院判决，在规定时间内将赔偿款支付给患者或其家属。
   • 支付方式可采用银行转账等，并保留支付凭证。

四、实务建议

1. 患者角度：

   • 若医院未按判决支付赔偿款，可向法院申请强制执行。
   • 保留好所有医疗记录、鉴定报告及判决文书，作为维权依据。

2. 医疗机构角度：

   • 及时履行判决义务，避免因拒不执行被纳入失信被执行人名单。
   • 若对判决有异议，可在法定期限内上诉或申请再审。

总结：法院判决医院承担50%责任时，赔偿费用由医院按比例支付。若涉及其他责任方或保险覆盖，支付主体可能相应扩展。患者应通过合法途径主张权利，医疗机构应积极履行义务。如有进一步疑问，可直接向我咨询。