关于医院使用两套收费系统是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体的法律法规、医院管理规定以及实际操作情况来综合判断。

首先，从法律法规的角度来看，医院作为提供医疗服务的机构，其收费行为必须严格遵守国家的相关法律法规，包括但不限于《医疗保障基金使用监督管理条例》等。这些法规对医院的收费项目、收费标准、收费方式等都有明确的规定，旨在保障患者的合法权益，防止医院乱收费、重复收费等违规行为。

对于医院使用两套收费系统的情况，如果这两套系统都是合法合规的，且用于不同的收费目的（如一套用于医保结算，一套用于自费结算），并且医院能够确保这两套系统的收费行为都符合法律法规的要求，那么这种做法在理论上可能是可行的。但关键在于，医院必须能够证明这两套系统的使用是合理且必要的，且不会导致患者权益受损。

然而，在实际操作中，医院使用两套收费系统往往容易引发一些问题。例如，如果两套系统的收费标准不一致，或者医院在操作过程中存在人为的干预和调整，就可能导致患者被重复收费、多收费等违规行为。此外，如果医院无法对两套系统的收费行为进行有效的管理和监督，也可能导致财务管理混乱、病历书写不规范等问题。

从您提供的参考信息中，我们可以看到高安市医保局曝光的医疗机构典型案例中，就存在串换项目收费、超标准收费、重复收费等违规行为。这些行为往往与医院收费系统的管理不善、操作不规范等有关。因此，即使医院声称使用两套收费系统是出于某种合理目的，但如果无法确保这两套系统的收费行为都符合法律法规的要求，那么这种做法就可能是不合法的。

综上所述，医院使用两套收费系统是否合法，取决于这两套系统的使用是否合理且必要，以及医院是否能够确保这两套系统的收费行为都符合法律法规的要求。如果医院无法做到这一点，那么使用两套收费系统就可能是不合法的，并可能面临相应的法律责任和处罚。因此，建议医院在使用收费系统时，务必严格遵守国家的相关法律法规和医院管理规定，确保患者的合法权益得到保障。