您核心的担忧是被他人套用名下电动摩托车牌且该车肇事逃逸后，如何自证清白。针对此问题，我为您从以下几个角度进行分析并提供建议：
立即报警并说明情况：
- 一旦发现您的车牌被套用且涉及交通事故，应第一时间向当地公安机关报案。在报案时，详细说明您的车牌被套用的情况，包括您何时发现、如何发现以及您对此事的了解程度。
- 报警后，公安机关会展开调查，这有助于您证明自己的清白，并可能追查到真正的肇事者。
收集并保留证据：
- 尽可能收集与您的电动摩托车相关的所有证据，如购车发票、车辆登记证、行驶证等，以证明您是车辆的合法所有者。
- 如果您有证据显示在事故发生时，您的车辆并不在事故现场（如GPS定位记录、停车场的监控录像等），这些证据将非常有力地证明您的清白。
- 保留所有与此次事件相关的通信记录，包括与警方的沟通、与可能涉及此事的第三方的交流等。
配合警方调查：
- 在警方调查过程中，积极配合并提供所需的信息和证据。这有助于警方更快地查明真相，并可能为您洗清冤屈。
- 如果警方需要您提供进一步的协助或信息，务必及时响应并配合。
寻求法律援助：
- 如果此事对您造成了较大的困扰或损失，您可以考虑寻求法律援助。一位专业的律师将能够为您提供更具体的法律建议，并帮助您维护自己的合法权益。
- 在选择律师时，请确保选择具有相关经验和专业知识的律师，以便更好地为您解决问题。
关注案件进展并及时反馈：
- 在案件调查过程中，保持与警方的沟通，并关注案件的进展。如果发现任何新的证据或线索，及时向警方反馈。
- 如果您对警方的调查结果有异议，可以依法提出申诉或要求复议。
在自证清白的过程中，您还需要注意以下几点法律后果和风险：
- 如果您未能及时报案或提供有效证据，可能会面临一定的法律风险，如被误认为肇事者而承担不必要的法律责任。
- 在配合警方调查时，请确保您的陈述真实、准确，避免提供虚假信息或误导警方。
- 如果此事对您造成了名誉损害或其他损失，您可以在法律框架内寻求相应的赔偿。
最后，我建议您在此类事件发生后保持冷静，并按照上述步骤积极应对。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供更详细、更专业的法律建议。