结论前置：

1. 在民间借贷中，若原被告有多笔款项往来且未对账，三年不起诉的诉讼时效是否适用，需视具体情况而定，关键在于是否能确定每笔款项的还款期限或借款期限。
2. 若能确定每笔款项的还款期限或借款期限，则从该期限届满之日起计算三年诉讼时效；若无法确定，则可能从最后一次款项往来或债权人要求还款之日起计算。

详细分析：

在民间借贷纠纷中，当原被告之间存在多笔款项往来且未进行对账时，关于三年不起诉的诉讼时效是否适用，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况进行细致分析。

一、能确定每笔款项的还款期限或借款期限的情况

若每笔借款都明确约定了还款期限或借款期限，那么每笔款项的诉讼时效就应当从该期限届满之日起开始计算。例如，如果某笔借款约定于2020年1月1日还款，那么从该日起三年内，即至2023年1月1日前，债权人都有权向法院提起诉讼要求还款。若在此期间内未提起诉讼，则可能面临诉讼时效届满的风险。

二、无法确定每笔款项的还款期限或借款期限的情况

1. 若借款未约定还款期限：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，对于未约定还款期限的借款，债权人可以随时要求债务人还款，但应当给予债务人合理的准备时间。在这种情况下，诉讼时效可能从债权人要求债务人还款的合理期限届满之日起开始计算。若债权人一直未要求还款，且双方也未进行对账，则可能从最后一次款项往来之日起计算诉讼时效，但具体还需根据案件事实和法院的判断来确定。

2. 若多笔款项往来复杂，难以确定每笔款项的性质和期限：在这种情况下，诉讼时效的计算可能更加复杂。可能需要通过审查双方的所有往来款项、交易习惯、沟通记录等证据，来尝试确定每笔款项的性质和可能的还款期限。若仍无法确定，则法院可能会根据案件的具体情况，结合公平原则和诚实信用原则，来判定诉讼时效的起算点。

三、诉讼时效中断与延长的情形

此外，还需要注意的是，诉讼时效并非一成不变。在诉讼时效期间内，若债权人向债务人提出过还款要求，或者债务人同意履行还款义务等情形，都可能导致诉讼时效的中断。中断后，诉讼时效将重新计算。同时，在特定情况下，如债权人因不可抗力或其他正当理由无法在诉讼时效期间内提起诉讼的，还可以依法申请延长诉讼时效。

建议与提醒：

• 对于民间借贷纠纷，建议双方在借款时就明确约定还款期限或借款期限，并保留好相关的证据材料，如借条、转账记录、沟通记录等。
• 若发生纠纷且未对账，建议尽快进行对账并明确每笔款项的性质和期限，以便及时主张权利并避免诉讼时效届满的风险。
• 若对诉讼时效的计算有疑问或面临诉讼时效届满的风险，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。

在处理此类问题时，若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。