分公司负责人与公司签订的入股协议是否有效，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议有效的情形
真实意思表示：
- 若入股协议是分公司负责人与公司双方真实的意思表示，即双方均出于自愿，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，且协议内容不违反法律法规和社会公序良俗，那么该协议是有效的。
- 例如，分公司负责人基于对公司未来发展的看好，自愿出资入股，并与公司签订了明确的入股协议，协议中规定了双方的权利和义务，这样的协议是具有法律效力的。
符合公司章程和法律规定：
- 入股协议的内容应符合公司章程的规定，以及《公司法》等相关法律法规的要求。
- 例如，协议中应明确入股的金额、比例、方式、时间等关键要素，且这些要素应与公司章程和法律规定相一致。
二、协议无效的情形
非真实意思表示：
- 若入股协议是在一方受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响下签订的，那么该协议可能被视为无效。
- 例如，公司以虚假的信息诱导分公司负责人入股，或者威胁分公司负责人如果不入股就会对其不利，这样的协议是可能被撤销的。
内容违法或违反公序良俗：
- 若入股协议的内容违反了法律法规的规定，或者违反了社会公序良俗，那么该协议也是无效的。
- 例如，协议中规定分公司负责人入股后，公司应给予其不正当的利益，或者协议中的某些条款明显不公平、不合理，这样的协议是可能被认定为无效的。
未经法定程序：
- 对于某些特定类型的公司（如股份有限公司），入股可能需要经过特定的法定程序，如股东大会的批准等。
- 若入股协议未经这些法定程序，那么该协议可能因程序违法而无效。不过，这一情形更多适用于公司整体层面的入股或增资扩股，对于分公司负责人与公司之间的入股协议，其程序要求可能因公司类型和具体情况而异。
三、法律建议
审查协议内容：
- 在签订入股协议前，分公司负责人应仔细审查协议的内容，确保其真实、合法、有效。
- 可以寻求专业律师的帮助，对协议进行法律审查，以避免潜在的法律风险。
保留相关证据：
- 在签订和履行入股协议的过程中，分公司负责人应保留好相关证据，如协议文本、付款凭证、沟通记录等。
- 这些证据在发生纠纷时，可以作为证明协议有效性和履行情况的依据。
及时寻求法律救济：
- 若发现入股协议存在无效或可撤销的情形，分公司负责人应及时寻求法律救济，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
- 在法律救济过程中，应提供充分的证据证明协议无效或可撤销的事实和理由。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。