结论：企业因不达标整改逾期未改而被关停，在符合法定程序和实体要求的情况下是合法的。结合新闻背景，多晶硅能耗新国标实施后，不符合三级标准的企业将被限期整改，逾期未改或整改后未达准入值（二级标准）的企业将被关停，这一举措旨在推动行业高质量发展，淘汰落后产能。

一、法律定性及依据

从法律层面来看，政府或相关部门依据新国标对企业进行能耗监管，并要求不达标企业限期整改，逾期未改或整改后仍未达标则予以关停，这属于行政机关依法履行市场监管职责的行为。其法律依据主要来源于《中华人民共和国节约能源法》以及相关的产业政策、标准规范等。

《中华人民共和国节约能源法》明确规定，国家实行有利于节约能源资源的生产生活方式，推动用能单位提高能源利用效率。对于不符合节能标准的企业，行政机关有权要求其限期治理，逾期不治理或者治理没有达到要求的，可以由管理节能工作的部门提出意见，报请本级人民政府按照国务院规定的权限责令停业整顿或者关闭。多晶硅能耗新国标的出台，正是对这一法律精神的细化与落实。

二、法定程序要求

行政机关在实施关停措施时，必须严格遵循法定程序，以确保行政行为的合法性与合理性。这包括但不限于：

1. 标准制定与公示：新国标的制定需经过广泛的征求意见、审查、批准等程序，确保标准的科学性与公正性。同时，标准应向社会公开，以便企业知晓并遵守。
2. 限期整改通知：对于不达标的企业，行政机关应发出书面整改通知，明确整改期限与要求。整改期限应合理，给予企业足够的整改时间。
3. 整改情况复查：整改期限届满后，行政机关应对企业的整改情况进行复查。复查应客观、公正，确保整改结果的准确性。
4. 关停决定与执行：对于逾期未改或整改后仍未达标的企业，行政机关应依法作出关停决定，并明确执行方式与期限。关停决定应告知企业相应的救济途径，如申请行政复议或提起行政诉讼等。

三、实体要求

除了程序要求外，关停措施还需满足实体要求，即企业确实存在不达标且逾期未改或整改后仍未达标的情况。这需要通过专业的检测与评估来确认。在多晶硅行业，能耗标准的达标情况通常通过专业的能源审计或检测来评估。行政机关应委托具有相应资质的机构进行检测，并确保检测结果的准确性与可靠性。

四、新闻背景下的法律分析

结合新闻背景，多晶硅能耗新国标的实施，旨在推动行业高质量发展，淘汰落后产能。根据初步统计，现有产能结构有序调整后，国内多晶硅有效产能将大幅下降。这一举措对于促进节能减排、优化产业结构具有重要意义。

对于不达标的企业而言，关停措施虽然严厉，但并非目的，而是推动企业转型升级、提高能源利用效率的手段。企业应积极响应政策要求，加大技术改造力度，提升能源利用效率，以适应新国标的要求。

五、对企业的启示与建议

1. 密切关注政策动态：企业应密切关注国家及地方关于能耗、环保等方面的政策动态，及时了解新国标的要求与实施时间。
2. 加大技术改造力度：对于不达标的企业而言，应加大技术改造力度，提升能源利用效率，确保在整改期限内达到新国标的要求。
3. 完善内部管理：企业应完善内部管理机制，建立健全能源管理制度，加强能源计量与监测，确保能源数据的准确性与可靠性。
4. 积极寻求法律帮助：在面对关停等行政措施时，企业应积极寻求法律帮助，了解自身的权利与义务，依法维护自身的合法权益。

总之，企业因不达标整改逾期未改而被关停，在符合法定程序和实体要求的情况下是合法的。企业应积极响应政策要求，加大技术改造力度，提升能源利用效率，以适应新国标的要求。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。