合作公司双方的权利与义务主要依据合同的约定，并受《中华人民共和国民法典》的相关条款规范。具体分析如下：

一. 合作公司双方的权利与义务基于合同约定

• 根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。这意味着合作公司双方的权利与义务首先以双方签订的合同内容为准，合同应明确双方各自的权利、义务以及履行方式等。

二. 应遵循诚信原则

• 同样依据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人在履行合同过程中，应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。合作公司双方在合作过程中，应诚实守信，不得有损害对方利益的行为。

三. 避免资源浪费和环境保护

• 《中华人民共和国民法典》第五百零九条还规定，当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。合作公司双方在合作过程中，应注重资源的合理利用，避免造成资源浪费，同时应遵守环境保护法规，不得从事污染环境和破坏生态的活动。

四. 其他未明确事项的处理

• 对于合同中未明确约定的权利与义务，可以参照《中华人民共和国民法典》第五百一十条和第五百一十一条的规定进行处理。例如，质量、价款或报酬、履行地点等内容没有约定或约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或交易习惯确定；仍不能确定的，则按照民法典规定的具体规则进行履行。

综上所述，合作公司双方的权利与义务主要依据合同的约定，并应遵循诚信原则、避免资源浪费和环境保护等法规要求。在合同履行过程中，如遇到未明确约定的事项，应参照民法典的相关规定进行处理。我建议合作双方在签订合同时，应尽可能明确各自的权利与义务，以减少后续合作中的纠纷和风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。