百姓在基本良田的合同承包期内，并非绝对有权拒绝政府搞整改，而是需根据具体情况来判断。以下从不同角度对此问题进行分析：

1. 政府整改的合法性与必要性

• 合法性：政府进行土地整改，通常基于公共利益的需要，如改善农业生产条件、提高土地利用率、保护生态环境等。若政府整改行为符合相关法律法规，且程序合法（如经过规划、审批等程序），则百姓有义务配合。
• 必要性：若整改行为对于提升农业生产效率、保障粮食安全或促进农村可持续发展具有显著意义，且未对百姓承包权益造成不合理损害，百姓应理解并支持。

2. 承包合同的具体条款

• 合同约定：百姓与发包方（如村集体）签订的承包合同中，可能包含关于土地用途、整改、补偿等条款。若合同明确规定了百姓在承包期内需配合政府整改的义务，或约定了整改时的补偿方式，则百姓应遵守合同约定。
• 合同解释：若合同条款存在模糊或争议，双方应协商解决。协商不成的，可依据相关法律法规或合同解释原则进行裁决。

3. 百姓的合法权益保护

• 补偿机制：若政府整改行为对百姓承包的土地造成了实际损失（如土地质量下降、种植结构调整等），百姓有权要求政府给予合理补偿。补偿标准应依据相关法律法规或当地政策确定。
• 参与权与知情权：百姓有权参与整改方案的制定和实施过程，了解整改的具体内容、目的和预期效果。政府应充分保障百姓的参与权和知情权，确保整改行为公开、透明。

4. 法律救济途径

• 行政复议：若百姓认为政府整改行为违法或不当，可依法申请行政复议，要求上级行政机关对整改行为进行审查。
• 行政诉讼：若对行政复议结果不满，百姓可向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径维护自身合法权益。

5. 特殊情况下的处理

• 紧急情况：在紧急情况下（如自然灾害、疫情等），政府可能需立即采取整改措施以保障公共安全。此时，百姓应配合政府工作，但政府也应在事后给予合理补偿。
• 协商与调解：在整改过程中，若百姓与政府或发包方产生争议，可尝试通过协商、调解等方式解决。协商、调解不成的，再依法通过行政复议或行政诉讼等途径解决。

建议：百姓在面对政府整改时，应首先了解整改的具体内容和目的，评估其对自身承包权益的影响。若认为整改行为合法、合理且必要，应积极配合；若认为整改行为违法或不当，或对自身权益造成不合理损害，可依法维护自身权益。同时，建议百姓在签订承包合同时，明确约定关于土地整改、补偿等条款，以减少后续争议。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。