公务员担任公司职务被查出来，确实可能需要上交所得，但具体情形需依据相关法律法规及公务员的具体行为性质来判断。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律法规的明确规定
根据《中华人民共和国公务员法》的相关规定，公务员必须遵守纪律，不得有下列行为：…（五）违反有关规定从事或者参与营利性活动，在企业或者其他营利性组织中兼任职务。若公务员违反此规定，在营利性组织中兼任职务并获取报酬，那么这些所得很可能被视为违法所得，需要依法上交。
二、违法所得的认定与处理
违法所得的认定：
- 公务员在营利性组织中兼任职务所获取的报酬，包括但不限于工资、奖金、津贴、股权分红等，若未经批准或违反相关规定，均可能被认定为违法所得。
违法所得的处理：
- 一旦被认定为违法所得，公务员需要依法上交这些所得。同时，根据违法情节的严重程度，公务员还可能面临警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等行政处分。
三、具体情形分析
未经批准兼职：
- 若公务员未经批准，擅自在企业或其他营利性组织中兼任职务并获取报酬，那么这些所得必须上交，且公务员将受到相应的行政处分。
虽经批准但违反规定获取报酬：
- 即使公务员的兼职行为经过了批准，但如果其在兼职过程中违反了相关规定（如获取了超出批准范围的报酬），那么超出部分的所得也可能被视为违法所得，需要上交。
兼职行为未影响本职工作且未获取报酬：
- 如果公务员的兼职行为并未影响其本职工作，且未获取任何报酬（或报酬已依法上交），那么这种情况可能不构成违法。但即便如此，公务员也应严格遵守相关规定，避免任何可能引发争议的行为。
四、法律建议与后果
法律建议：
- 公务员应严格遵守《中华人民共和国公务员法》及其他相关法律法规，不得未经批准在企业或其他营利性组织中兼任职务。
- 若已兼职并获取报酬，应主动上交违法所得，并积极配合相关部门的调查和处理。
可能的法律后果：
- 除了上交违法所得外，公务员还可能面临行政处分，甚至可能被追究刑事责任（如构成受贿罪等）。
- 公务员的违法兼职行为还可能对其职业生涯产生严重影响，如被开除公职、丧失晋升机会等。
综上所述，公务员担任公司职务被查出来后，是否需要上交所得取决于其兼职行为是否违反了相关法律法规及规定。若违反，则必须上交违法所得，并可能面临严重的法律后果。因此，建议公务员严格遵守相关规定，避免任何可能引发争议的行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。