针对您提出的“虚开公司怎么处理”这一问题，我将从税务机关处理、司法机关处理、其他法律责任以及对企业的建议等几个方面，为您详细解答。
一、税务机关的处理（行政处罚）
调查与认定：
- 税务机关会通过税收征管系统、数据分析比对等手段，对涉嫌虚开的公司进行专门检查。他们会收集发票开具情况、资金流水、货物运输记录等证据，以确定虚开事实和金额。同时，还会对与该企业有业务往来的上下游企业进行延伸检查。
发票处理：
- 虚开的发票将被认定为无效。受票方不能将其作为增值税进项税额抵扣凭证或企业所得税税前扣除依据。如果已经抵扣或扣除，需要作相应转出或调增，并补缴税款。
税款追缴与罚款：
- 税务机关会追缴虚开公司少缴的税款，并按日加收滞纳金。根据法律法规，虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；超过1万元的，处5万元以上50万元以下罚款。
其他行政措施：
- 情节严重的，税务机关可能吊销企业营业执照，限制其参与政府采购、招投标等活动，并将其列入税收违法“黑名单”，纳税信用等级直接判定为D级，这将严重影响企业在多个方面的经营和发展。
二、司法机关的处理（刑事处罚）
立案侦查：
- 税务机关将虚开公司案件移送公安机关后，公安机关会立案侦查，确定犯罪嫌疑人，并采取抓捕、查封扣押等措施。
刑事处罚：
- 根据《中华人民共和国刑法》规定，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，根据情节轻重，可能面临三年以下有期徒刑或拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金，直至无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或没收财产的刑事处罚。单位犯罪的，还对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法处罚。
三、其他法律责任
- 如果公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益，根据《中华人民共和国公司法》规定，这些股东应对公司债务承担连带责任。
四、对企业的建议
立即停止违法行为：
- 如果企业发现自身存在虚开发票的行为，应立即停止，避免进一步涉及违法。
配合调查：
- 积极配合税务机关或相关部门的调查，如实提供所需资料和信息，以尽快查清事实真相。
自查整改：
- 加强财务管理和内部控制，完善发票管理制度，加强员工培训，确保业务活动合法合规，防止类似问题再次发生。
承担法律责任：
- 如发现违法行为，应主动向税务机关报告，并依法补缴税款、缴纳罚款等，承担相应的法律责任。
寻求专业帮助：
- 建议企业在处理此类问题时咨询专业律师或税务顾问，以获得法律咨询、协助沟通协商以及代表申诉或辩护等支持，降低法律风险并维护合法权益。
综上所述，虚开公司将面临多层面的法律制裁和严厉的市场惩罚。因此，企业必须高度重视税务合规性，严格遵守税法规定，以避免不必要的法律风险和经济损失。