当您发现农村土地承包经营权证上的面积与实际测量面积不一致时，您可以按照以下步骤来处理这个问题，以确保您的合法权益得到保护：
一、向农村土地承包管理部门反映
首先，您应当向当地的农村土地承包管理部门（通常是乡镇的农业服务中心或相关土地管理机构）反映这一情况。这是解决问题的第一步，也是获取专业指导和帮助的重要途径。
二、申请实测承包地块
有权要求实测：作为土地承包方，您有权要求对其承包的地块进行实测，特别是当土地证上的面积与实际使用或测量的面积存在较大误差时。
科学简便测量：实测过程将采取科学简便的方式进行，以确保测量结果的准确性和可靠性。这通常涉及使用专业的测量工具和技术手段。
三、实测结果公示与确认
公示程序：实测结果需要经过乡（镇）、村两级的公示确认。这是确保实测结果公开透明、各方无异议的重要环节。
确认依据：公示确认后的实测结果将作为土地承包合同及土地承包经营权变更、确认或注销的依据。因此，您应积极参与公示过程，确保实测结果的准确性和公正性。
四、办理变更登记手续
在实测结果公示确认无误后，您需要向相关部门申请办理土地承包经营权的变更登记手续。这将涉及更新土地承包经营权证上的面积信息，以确保其与实际测量面积一致。
五、遵循处理原则
在处理土地证面积不符的问题时，应遵循以下原则：
实测面积优先：根据农村土地承包经营权登记试点的精神，应优先按照实测面积进行登记。
不挂钩原则：实测面积不应与按延包面积确定的农业补贴基数挂钩，也不应与农民承担的费用、劳务标准挂钩。这是为了防止因面积不符而借机增加农民负担的情况发生。
统一规范原则：各地在全面开展确权登记颁证工作时，应按照国家政策规定统一规范进行。这有助于确保工作的合法性和规范性，为农民提供更加稳定和有保障的土地承包经营权。
六、法律依据
处理土地面积不符的问题主要依据《关于开展农村土地承包经营权登记试点工作的意见》等相关政策文件。这些文件详细规定了农村土地承包经营权登记试点的具体做法，特别是针对土地面积不符的情况，明确了应通过实测确认并公示后的结果作为土地承包经营权确认、变更的依据。
综上所述，当您发现农村土地承包经营权证上的面积与实际测量面积不一致时，应积极向相关部门反映并申请实测，遵循处理原则并办理变更登记手续，以确保您的合法权益得到保护。