小产权房双方分割协议是否有效需视具体情况而定，以下从不同角度为您详细分析：
一、协议主体与交易合法性角度
本集体经济组织成员之间：
- 如果小产权房是在本集体经济组织成员之间合法买卖并取得的，那么在离婚等情况下进行分割，法院一般会根据房屋的实际使用情况、双方贡献等因素进行合理分配。这种分割协议通常是有效的，因为交易本身符合集体经济组织内部的流转规定。
非本集体成员交易：
- 若是向本集体经济组织以外的人员购买小产权房，这种交易本身可能存在违法性，因为小产权房通常只能在集体经济组织内部流转。在分割时，法院可能不会认可其合法性，不会按照常规方式进行分割。因此，涉及非本集体成员交易的分割协议可能无效。
二、产权完整性角度
- 未取得完整产权：
- 小产权房往往没有完整产权证书，分割时难以像有产权的房屋那样清晰界定。可能会考虑房屋的建设成本、居住需求等，但最终分割结果可能因无法明确产权归属而存在不确定性。这种情况下，分割协议的有效性可能受到质疑，尤其是当协议内容涉及产权归属的明确划分时。
三、协议内容与形式角度
协议内容合法且真实：
- 无论小产权房的产权状况如何，只要分割协议是双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不存在欺诈、胁迫等可撤销情形，一般应认定有效。例如，双方平等自愿地约定小产权房的归属，并签订了符合民事行为规范的协议。
协议形式合规：
- 协议的形式也很重要。为了确保协议的法律效力，各方应在协议上签字盖章。如有必要，可请公证机关进行公证，以增强协议的法律效力。
四、特殊情况考虑
- 涉及对外关系：
- 在涉及对外关系时，如债权人主张权利等，小产权房分割协议的效力可能会受一定影响。因为小产权房交易受限，可能导致相关权益实现存在障碍。这种情况下，即使协议在内部是有效的，但在对外关系上可能无法得到全面认可。
法律建议：
- 在签订小产权房分割协议前，务必了解清楚房屋的产权状况和交易合法性。
- 确保协议内容合法、真实，且形式合规。如有必要，可寻求专业法律人士的帮助来撰写或审查协议。
- 考虑到小产权房的特殊性，建议在协议中明确约定各方在产权归属、使用、收益等方面的权利和义务，以及违约责任和争议解决方式。
可能法律后果：
- 如果分割协议无效或存在争议，可能会导致各方无法按照协议约定行使权利或履行义务，进而引发纠纷。
- 在极端情况下，无效的分割协议可能会给各方带来经济损失或法律责任。
因此，在处理小产权房分割问题时，务必谨慎对待分割协议的有效性问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。