结论前置：
- 若下水管通过未造成实际损害且未违反相关规定，一般无权要求收费；
- 若存在损害或违反规定，可依法要求赔偿或采取其他措施。
详细分析：
首先，我们需要明确的是，农村土地（包括耕地）的使用权是受到法律保护的。别人家的下水管从您家耕地的地下通过，这一行为本身并不直接构成对耕地使用权的侵犯，但关键在于这一行为是否给您带来了实际的损害或是否违反了相关的法律法规。
一、未造成实际损害且未违反规定的情况
法律原则：
- 根据一般的法律原则，如果别人家的下水管通过您家耕地地下并未造成任何实际损害（如土壤污染、作物减产等），且这一行为并未违反当地关于土地使用、管道铺设等相关规定，那么您通常无权要求对方支付费用。
实际操作：
- 在实际操作中，如果双方能够友好协商，且对方愿意出于某种原因（如邻里关系、道德义务等）支付一定费用，那么这是双方自愿的行为，法律并不禁止。但如果您单方面要求收费，且没有法律依据或合同约定，那么对方有权拒绝。
二、存在实际损害或违反规定的情况
实际损害：
- 如果下水管通过导致您家耕地土壤污染、作物减产或其他实际损害，那么您有权根据《民法典》中关于侵权责任的规定，要求对方承担赔偿责任。赔偿范围应包括因损害导致的直接经济损失和合理的间接经济损失。
违反规定：
- 如果下水管通过的行为违反了当地关于土地使用、管道铺设等相关规定，那么您有权向相关部门举报，并要求对方停止侵害、恢复原状或赔偿损失。相关部门在调查核实后，会依法对违法行为进行处理。
三、建议与措施
友好协商：
- 在处理此类问题时，首先建议双方友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于维护邻里关系，避免不必要的法律纠纷。
法律途径：
- 如果协商无果，且您认为自己的权益受到了侵害，那么您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这包括向法院提起诉讼或向相关部门申请调解、仲裁等。
预防措施：
- 为了避免类似问题的发生，建议您在今后与邻居或相关方进行土地使用、管道铺设等协商时，明确双方的权利和义务，并签订书面协议。这样可以在发生纠纷时提供有力的法律依据。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。