总公司委托分公司收款并开票，在一定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性前提
公司法规定：
- 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则在总公司授权范围内可从事经营活动，这自然包括收款和开票。
- 若分公司仅为总公司的内设机构或办事处，无独立法人资格和经营许可，则不具备直接收款和开票的权利，此时需通过总公司进行。
税法规定：
- 税收管理中强调发票的开具应与实际的交易活动、款项支付等保持一致，即“三流合一”。
- 总公司与分公司之间的收款和开票行为必须符合税务机关的管理要求，确保业务的真实性和合规性。
二、具体操作要点
关于收款：
- 总公司应书面委托分公司代为收取款项，并明确委托收款的范围、期限等关键事项，以确保双方权利义务的清晰。
- 分公司在收款时，应确保款项最终归属总公司，且收款行为在总公司授权范围内进行，避免出现资金挪用等风险。
关于开票：
- 增值税发票：若分公司与总公司位于同一县（市）且统一核算，分公司可以总公司名义开具发票。若不在同一县（市），则需符合相关增值税规定，双方应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。
- 其他发票：分公司开具其他类型发票时，同样需基于真实发生的、与总公司相关的经济业务，并按照发票管理办法等规定进行开具和管理，确保发票内容的真实性和准确性。
三、风险及注意事项
税务风险：
- 必须确保符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票。虚开发票是严重的违法行为，可能面临税务行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。
- 应保留好相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。这些资料是税务机关核查业务真实性的重要依据。
法律文件完备性：
- 总公司与分公司之间的委托协议等法律文件应完备，明确双方权利义务。这有助于在出现纠纷时，明确双方的责任和义务，保护各自的合法权益。
- 在涉及第三方（如客户）时，应提供委托收款开票的相关证明文件，避免引起误解或不必要的法律纠纷。这有助于维护企业的商业信誉和客户关系。
四、建议与结论
为确保合规性，建议企业在实施前咨询专业的法律或税务顾问，对具体的业务模式、合同条款等进行详细的审查和评估。同时，企业应建立健全的内部管理制度，确保收款和开票行为的真实性和合规性，以降低潜在的法律和税务风险。
若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。