法院已经调解完，再写的和解协议通常是有效的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、和解协议的有效性基础
真实意思表示：和解协议是双方当事人在平等、自愿的基础上，经过协商一致达成的。只要该协议是双方真实意思的表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当认定其有效。
法律约束力：经法院调解达成的协议本身就具有法律约束力，双方应按照协议履行。若双方在调解后重新达成和解协议，且该协议符合上述有效性基础，那么它同样具有法律约束力，可以作为双方后续履行义务的依据。
二、和解协议与法院调解书的关系
独立性：和解协议与法院调解书是两个独立的法律文件。法院调解书是法院根据调解结果制作的法律文书，具有强制执行力。而和解协议是双方当事人在调解后自行达成的协议，其效力取决于协议本身的内容和双方的约定。
补充或变更：如果和解协议是对法院调解书的补充或变更，且该补充或变更不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么它应当被视为对原调解书的有效修改。但需要注意的是，如果和解协议与法院调解书存在冲突，且无法协调一致，那么可能需要通过法律途径来解决争议。
三、特殊情况下的协议效力
特殊案件类型：在某些特殊类型的案件中，如涉及婚姻家庭、劳动争议等领域，可能有特定的法律规定对协议的效力产生影响。因此，在签订和解协议时，需要特别注意相关法律及司法解释的规定。
可撤销情形：如果和解协议存在重大误解、显失公平等法定可撤销情形，一方当事人有权申请撤销该协议。撤销后，协议自始无效，双方应恢复原状或按照其他约定处理争议。
四、法律建议
明确协议内容：在签订和解协议时，双方应明确协议的内容、履行方式、履行期限等关键条款，以避免后续产生争议。
考虑法律后果：双方在签订和解协议前，应充分考虑协议的法律后果，包括可能面临的法律责任和风险。
及时履行协议：一旦和解协议生效，双方应按照协议约定及时履行义务。如果一方不履行协议，另一方可以依据协议向法院申请强制执行。
举例说明：假设甲乙双方因合同纠纷在法院调解下达成了一份调解书，约定了甲向乙支付一定金额的款项。调解后，双方又自行签订了一份和解协议，对支付方式、支付期限等进行了进一步约定。只要这份和解协议是双方真实意思的表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么它就是有效的。如果甲未按照和解协议履行义务，乙可以依据和解协议向法院申请强制执行。
如果有任何关于合同纠纷或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。