法院调解和好的调解书在协议离婚后，其本身并不直接涉及协议离婚的效力问题，但调解和好的协议具有法律效力，且该效力与后续是否协议离婚无直接关联；若后续协议离婚未涉及调解和好协议中的内容，则调解和好的调解书依然有效；若涉及且存在冲突，则需根据具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、调解和好的法律效力
程序角度：在法院主持下，双方当事人达成调解和好的协议后，法院会据此制作调解书。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，这意味着该离婚诉讼程序就此终结。未经法定程序，不得随意再次启动相同的离婚诉讼。
实体内容角度：调解和好的协议体现了双方当事人就婚姻关系存续问题达成的一致意愿。双方应按照协议内容履行，继续维持婚姻关系。在调解书生效后，双方不得擅自违背调解协议中关于和好的约定。若一方违反，另一方可以依据调解书向法院申请强制执行或者寻求其他法律救济途径。
二、调解和好与协议离婚的关系
独立效力：调解和好的调解书与后续的协议离婚是两个独立的法律行为。调解和好的调解书主要解决的是当时双方希望和好的意愿，并据此终结了当时的离婚诉讼程序。而协议离婚是双方后续就离婚事宜达成的新的协议。
不冲突原则：如果后续双方选择协议离婚，且协议内容并未涉及或否定之前调解和好协议中的内容，那么调解和好的调解书依然有效，它证明了双方曾经有过和好的意愿并为此达成过协议。
冲突处理：如果后续协议离婚的内容与之前调解和好的协议存在冲突，比如一方在调解和好后又提出离婚，并达成了新的财产分割或子女抚养协议，那么需要看新的协议是否合法、是否双方真实意思表示。如果是，且没有违反法律强制性规定或损害第三方利益，那么新的协议将取代之前的调解和好协议中相关部分的内容。但需要注意的是，对于已生效的解除婚姻关系部分（如果之前调解和好并未实际解除婚姻关系），则不可因后续协议离婚而反悔，因为离婚已成既定事实（如果后续协议离婚成功的话）。
三、特殊情况下的处理
存在欺诈、胁迫等情形：如果发现订立调解和好协议时存在欺诈、胁迫等情况，可在知道或应当知道该事由之日起一定期限内（如一年），向法院起诉请求撤销该协议部分或全部内容，由法院审理判定是否撤销。
违反自愿原则或内容违法：若调解违反自愿原则或者调解协议内容违反法律的，当事人可以申请再审。经人民法院审查属实的，应当再审。
建议：在实际操作中，如果双方后续选择协议离婚，并且希望明确之前调解和好协议的效力问题，可以在协议离婚协议中明确写明对之前调解和好协议的态度（如确认、修改或废止），以避免未来的纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。