检察院在“没有明知且没有恶意”的情况下，仍有可能不起诉，但需结合具体情节和法律规定综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 法定不起诉：符合法律明确排除起诉的情形

根据《刑事诉讼法》第16条，检察院在以下情形中必须不起诉：

• 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
• 犯罪已过追诉时效期限的；
• 经特赦令免除刑罚的；
• 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉的；
• 犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
• 其他法律规定免予追究刑事责任的。

举例：若行为人因误解法律而实施了轻微行为（如误以为合法持有某物品，实际构成犯罪），但情节显著轻微且无社会危害性，检察院可能依据法定不起诉条款作出决定。

2. 酌定不起诉：犯罪情节轻微，可免除刑罚

根据《刑事诉讼法》第177条第2款，若犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或可免除刑罚的，检察院可以不起诉。常见情形包括：

• 初犯、偶犯，且犯罪行为社会危害性较小；
• 行为人具有自首、立功、退赃退赔、认罪认罚等从轻情节；
• 犯罪行为未造成实际损害或损害轻微。

举例：行为人因疏忽大意导致轻微财产损失，且主动赔偿并取得谅解，检察院可能认定其“没有恶意”且情节轻微，从而作出酌定不起诉决定。

3. 证据不足不起诉：无法证明有罪

根据《刑事诉讼法》第175条，对于二次补充侦查后证据仍不足、不符合起诉条件的案件，检察院应当不起诉。此时，检察院的审查重点在于证据是否充分，而非行为人主观上是否“明知”或“有恶意”。

举例：若行为人被指控实施某行为，但现有证据无法证明其主观上存在故意或过失（如无法证明其“明知”行为违法），检察院可能因证据不足而不起诉。

4. 认罪认罚从宽：自愿认罪并接受处罚

根据《刑事诉讼法》第15条，犯罪嫌疑人自愿如实供述罪行、承认指控事实并愿意接受处罚的，检察院可以依法从宽处理，包括作出不起诉决定。此时，行为人的主观态度（如是否“明知”或“有恶意”）可能成为从宽处理的考量因素之一。

举例：行为人虽实施了违法行为，但主动投案、如实供述且认罪认罚，检察院可能结合其主观恶性较小的情况，作出不起诉决定。

法律建议

1. 行为人角度：若涉及刑事案件，应尽快委托律师介入，通过提交无罪或罪轻证据（如证明无主观故意、情节轻微等），争取不起诉结果。
2. 被害人角度：若认为检察院应起诉而未起诉，可依法向上一级检察院申诉，要求其监督下级检察院的决定。
3. 证据收集：无论是行为人还是被害人，均需重视证据的收集与固定，尤其是证明主观心态（如是否“明知”）的证据，这可能直接影响案件走向。

总结：检察院是否不起诉，需综合行为性质、情节轻重、证据充分性及主观心态等因素判断。即使行为人“没有明知且没有恶意”，若符合法定不起诉、酌定不起诉或证据不足不起诉的情形，仍可能获得不起诉结果。具体案件需结合细节分析，建议直接向我咨询以获取针对性法律意见。