结论：投标人未填报包号优选顺序时，需根据招标文件规定、实际影响及法律规定综合处理，具体处理方式需结合实际情况判断。以下为详细分析：

1. 依据招标文件规定处理

• 核心依据：招标文件是招标活动的法律性文件，对投标人具有约束力。若招标文件明确要求填报包号优选顺序，而投标人未填报，则属于未响应招标文件要求的情形。
• 处理方式：
  • 直接否决投标：若招标文件规定“未填报包号优选顺序的投标文件将被否决”，则招标人可直接否决该投标。
  • 视为无效响应：若招标文件未明确否决条款，但规定“未填报包号优选顺序视为无效响应”，则该投标可能被认定为无效。
  • 补充说明机会：若招标文件允许投标人在澄清阶段补充说明，则招标人可要求投标人补充填报包号优选顺序，但需注意补充说明不得改变投标文件的实质性内容。

2. 根据实际影响判断

• 无实质性影响：若包号优选顺序对评标结果无实质性影响（如所有包号内容相同、评标标准不涉及包号顺序等），则招标人可酌情处理，例如：
  • 视为默认顺序：按招标文件规定的默认顺序（如包号编号顺序）处理。
  • 不否决投标：若招标文件未明确否决条款，且未填报包号优选顺序不影响评标公平性，则可不否决投标。
• 有实质性影响：若包号优选顺序直接影响评标结果（如不同包号对应不同技术要求、价格差异等），则未填报包号优选顺序可能导致评标无法进行，此时应否决投标。

3. 法律合规性审查

• 公平性原则：招标活动应遵循公平、公正、公开原则。若否决投标，需确保处理方式不歧视特定投标人，且符合招标文件规定。
• 程序合规性：招标人需在评标报告中详细记录未填报包号优选顺序的情况及处理依据，确保程序合法合规。
• 异议与投诉处理：若投标人对处理结果有异议，可依法提出异议或投诉，招标人需依法答复或处理。

4. 实务建议

• 招标人角度：
  • 在招标文件中明确包号优选顺序的填报要求及否决条款，避免争议。
  • 评标阶段严格依据招标文件规定处理未填报包号优选顺序的情形。
• 投标人角度：
  • 仔细阅读招标文件，确保按要求填报所有必要信息。
  • 若发现遗漏，及时与招标人沟通，争取补充说明的机会（若招标文件允许）。

总结：投标人未填报包号优选顺序时，招标人应首先依据招标文件规定处理；若招标文件无明确规定，则需结合实际影响及法律合规性综合判断。处理过程中需确保公平、公正、公开，避免程序瑕疵。如有具体案例或进一步疑问，可直接向我咨询。