招标文件有更改时，质疑日期的计算需根据具体情况来确定，核心在于明确供应商知道或应当知道其权益受到损害的日期。以下是详细分析：

一、质疑日期的计算原则

根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第五十三条，供应商应知其权益受到损害之日，是指：

1. 对可以质疑的采购文件提出质疑的：为收到采购文件之日或者采购文件公告期限届满之日。
2. 对采购过程提出质疑的：为各采购程序环节结束之日。
3. 对中标或者成交结果提出质疑的：为中标或者成交结果公告期限届满之日。

在招标文件有更改的情况下，如果更改内容影响了供应商的权益，供应商有权在知道或应当知道其权益受到损害之日起的法定质疑期内提出质疑。

二、具体计算方式

1. 需要报名和记名取得采购文件的：

   • 质疑起算日是收到采购文件之日。因为在此情况下，采购人或代理机构能够确定具体是哪个供应商取得了采购文件。

2. 不需要报名和记名取得采购文件的：

   • 质疑起算日是采购文件公告期限届满之日。由于无法确定是哪家供应商取得了采购文件，因此以公告期限届满之日作为质疑的起算点。

3. 特殊情况下的选择权：

   • 如果招标文件同时规定了“收到采购文件之日”和“采购文件公告期限届满之日”作为质疑的起算点，且两个起算点都有效，那么供应商有权选择其中一个对他有利的起算节点来计算提出质疑的法定期限。

三、实际操作建议

1. 仔细阅读招标文件：

   • 供应商在参与招标前，应仔细阅读招标文件，特别是关于质疑期限的规定，确保自己了解在何种情况下可以提出质疑，以及质疑期限的起算点。

2. 及时提出质疑：

   • 如果供应商认为招标文件的更改影响了其权益，应在知道或应当知道其权益受到损害之日起的法定质疑期内及时提出质疑，以免错过时机。

3. 保留相关证据：

   • 供应商在提出质疑时，应保留好相关证据，如招标文件的更改通知、自己的权益受到损害的证明等，以便在需要时提供给采购人或代理机构进行核查。

四、案例分析

以某供应商对招标文件评分标准提出质疑的案例为例，该供应商在依法取得招标文件后，选择按照招标文件公告期限届满之日来计算质疑的法定期限，并在法定期限内提出了质疑。最终，有关财政部门认为该供应商的质疑未超过法定质疑期，质疑有效。这个案例说明了在招标文件有更改的情况下，供应商有权选择对自己有利的质疑起算点，并在法定期限内提出质疑。

招标文件有更改时，质疑日期的计算需根据采购文件的取得方式、公告期限以及供应商知道或应当知道其权益受到损害的日期来确定。供应商应仔细阅读招标文件，了解质疑期限的规定，并在知道或应当知道其权益受到损害之日起的法定质疑期内及时提出质疑。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。