结论前置：在公司将厂房以租抵债后破产的情况下，承租人的债权处理需依据租赁合同性质、破产程序阶段及法律规定综合判断，具体处理方式如下：

1. 租赁合同性质对债权的影响

• 融资租赁合同：若租赁合同被认定为融资租赁（即租赁物所有权在租赁期满后转移至承租人），承租人享有“取回权”，可直接要求管理人返还租赁物，无需参与破产财产分配。此时债权优先于普通债权人。
• 经营租赁合同：若为普通经营租赁，承租人仅享有“使用权”，其债权属于普通债权，需按破产程序申报，与其他普通债权人按比例受偿。

2. 破产程序阶段对债权申报的要求

• 破产申请受理前：若租赁合同在破产申请受理前已履行完毕（如租金已付清），承租人可主张合同权利，要求管理人继续履行租赁合同或赔偿损失。
• 破产申请受理后：根据《企业破产法》第18条，管理人有权决定是否继续履行未履行完毕的租赁合同。若管理人选择解除合同，承租人可申报因合同解除产生的损害赔偿请求权（如剩余租金损失、搬迁费用等），该债权属于普通债权。

3. 以租抵债协议的效力与破产撤销权

• 协议效力：若以租抵债协议在破产申请受理前1年内签订，且公司已出现不能清偿到期债务的迹象，管理人可依据《企业破产法》第31条行使撤销权，主张协议无效。此时承租人需返还租赁物，其债权转为普通债权参与分配。
• 例外情形：若协议签订时公司尚未出现破产原因，或租金支付对价合理（如市场价），则协议有效，承租人可主张继续履行或赔偿。

4. 承租人的优先权与例外

• 一般规则：承租人原则上不享有对租赁物的优先受偿权（除非为融资租赁）。
• 例外情形：若承租人已支付大部分租金且租赁物对其生产经营至关重要，可尝试与管理人协商优先续租或以物抵债，但需以破产财产分配方案通过为前提。

5. 实务建议

• 立即申报债权：承租人应在破产管理人指定的期限内申报债权，提交租赁合同、付款凭证等证据。
• 参与债权人会议：通过债权人会议监督破产程序进展，争取有利分配方案。
• 诉讼救济：若管理人拒绝承认债权或撤销以租抵债协议，承租人可向法院提起破产债权确认之诉。

提示：具体处理需结合租赁合同条款、破产原因发生时间及当地法院裁判尺度。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供针对性分析。