发生交通事故三个月后，交通肇事车在特定情况下仍可能被扣留，但通常扣留时间不会无故延长至三个月之久，除非存在特殊情形需要继续调查。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与扣留条件
根据《道路交通事故处理程序规定》第三十九条，因收集证据的需要，公安机关交通管理部门可以扣留事故车辆，并开具行政强制措施凭证。这意味着，扣留车辆的主要目的是为了搜集与事故相关的证据。扣留的车辆应当被妥善保管，且公安机关交通管理部门不得扣留事故车辆所载货物。对所载货物，在核实重量、体积及货物损失后，会通知机动车驾驶人或者货物所有人自行处理。
二、扣留时间的限制与例外
一般情况：在正常情况下，扣留车辆的时间应当与收集证据的需要相匹配，不会无故延长。一旦证据收集完毕，车辆应当及时返还。
特殊情况：如果事故涉及复杂情况，如需要进一步调查事故原因、鉴定车辆性能、分析事故责任等，扣留时间可能会相应延长。但这种延长应当有合理的依据，并且公安机关交通管理部门会通知当事人扣留的原因和期限。
三个月后的扣留：如果事故发生三个月后车辆仍被扣留，这通常意味着存在特殊情形需要继续调查。例如，可能涉及刑事案件的调查、对事故责任的深入分析、对车辆性能的详细鉴定等。在这种情况下，公安机关交通管理部门会依据相关法律法规和程序进行扣留，并会及时通知当事人。
三、当事人的权利与义务
权利：当事人有权了解车辆被扣留的原因和期限，并有权要求公安机关交通管理部门提供相关的法律文书和证据。如果认为扣留行为违法或不当，当事人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
义务：当事人应当配合公安机关交通管理部门的调查工作，提供必要的证据和信息。如果车辆被扣留期间需要移动或处理车上货物，当事人应当按照公安机关交通管理部门的指示进行。
四、建议与注意事项
及时沟通：如果车辆被扣留，当事人应当及时与公安机关交通管理部门沟通，了解扣留的原因和期限，并配合调查工作。
保留证据：当事人应当保留与事故相关的所有证据，包括现场照片、视频、证人证言等，以便在需要时提供给公安机关交通管理部门或法院。
依法维权：如果认为扣留行为违法或不当，当事人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
作为姚柏明律师，我建议你在遇到此类问题时，及时与我沟通，以便更准确地了解你的权利和义务，并依法维护自己的合法权益。