政府项目中标后转包给全资子公司是不合法的。以下从法律角度进行详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国建筑法》：
- 第二十八条明确规定，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，也禁止承包单位将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人。
- 第六十七条进一步规定了转包行为的法律责任，包括责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级，甚至吊销资质证书。同时，转包单位还需对因转包导致的工程质量问题承担连带赔偿责任。
《中华人民共和国招标投标法》：
- 第四十八条强调，中标人不得向他人转让中标项目，也不得将中标项目肢解后分别向他人转让。中标人仅可将部分非主体、非关键性工作分包给具备相应资格条件的单位，并承担连带责任。
- 第五十八条对违反规定的中标人设定了严厉的处罚措施，包括罚款、没收违法所得、停业整顿，以及由工商行政管理机关吊销营业执照等。
《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》：
- 第八条明确规定，“母公司承接建筑工程后将所承接工程交由具有独立法人资格的子公司施工的情形”属于转包行为。
二、转包行为的危害
- 工程质量难以保障：转包可能导致工程经过多层转手，施工方的资质和能力参差不齐，难以保证工程按照原设计标准和质量要求进行。
- 责任界定复杂：转包涉及多个主体，当出现质量问题或安全事故时，各方可能相互推诿责任，导致责任追究变得困难。
- 扰乱市场秩序：转包行为破坏了建筑市场的公平竞争原则，影响了合法企业的发展和市场秩序的稳定。
三、政府工程的特殊要求
政府工程通常涉及公共利益和公共安全，对工程质量、施工安全、工期等方面有着更为严格的要求。转包行为不仅违反了这些要求，还可能给公众带来严重的影响和风险。
四、实务建议
- 在投标阶段提前策划：可以安排子公司与母公司组建联合体进行投标，实现资源最优的配置。但需注意，联合体一方不进行施工也未对施工活动进行组织管理的，并且向联合体其他方收取管理费或者其他类似费用的，视为联合体一方将承包的工程转包给联合体其他方。
- 通过分包方式实现资源整合：将部分非主体性、关键性工程交由子公司施工，这并不违反法律规定。特别是在EPC模式下，设计单位作为总承包商，可以将全部施工工作发包给具有施工资质的单位，也可以把全部设备材料采购工作对外分包。
- 将非工程施工类工作交由子公司实施：如工程设备、材料采购等，这一般不视为转包或违法分包行为。
总结：政府项目中标后转包给全资子公司是不合法的，可能带来严重的法律后果和工程质量问题。承包单位在承接政府工程后，应严格遵守相关法律法规和合同条款，不得擅自转包或违法分包。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。