医生多机构备案取酬的合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 合法情形

• 符合备案规定：根据《医师执业注册管理办法》及相关地方规定，医生在主要执业机构注册后，若需在其他医疗机构（如多点执业机构）备案并合法执业，其取酬行为是合法的。此时，医生需确保：
  • 已完成多点执业备案手续；
  • 备案机构具备合法资质；
  • 取酬方式符合合同约定及税务规定。
• 合规取酬：医生通过合法备案的机构提供医疗服务，并按照约定获取报酬，属于正常的劳动所得，不违反法律。

2. 违法情形

• 未备案或超范围执业：若医生未在多点执业机构备案，或超出备案范围从事医疗活动（如超出专业范围行医），则可能构成非法行医。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条，非法行医情节严重的，可能面临刑事处罚。
• 违规取酬：若医生通过不正当手段（如收受回扣、分成）获取报酬，或未按规定申报税务，则可能涉及商业贿赂、偷税漏税等违法行为，需承担相应法律责任。

3. 法律后果

• 行政处罚：未备案执业或违规取酬的医生，可能面临卫生行政部门的警告、罚款、暂停执业等处罚。
• 刑事责任：非法行医导致严重后果（如患者死亡、重伤）的，医生可能被追究刑事责任。
• 民事赔偿：若因违规执业导致患者损害，医生还需承担民事赔偿责任。

4. 建议与注意事项

• 合规备案：医生在多点执业前，务必完成备案手续，确保执业合法性。
• 规范取酬：取酬方式应符合合同约定及税务规定，避免利益输送或偷税漏税。
• 保留证据：建议医生保留与备案机构签订的合同、取酬凭证等证据，以备查验。
• 咨询专业意见：若对备案流程或取酬方式有疑问，建议咨询专业律师或卫生行政部门。

总结：医生多机构备案取酬的合法性取决于是否完成备案手续、是否合规执业及取酬。合法备案并规范取酬的行为受法律保护，而未备案或违规取酬则可能面临行政、刑事及民事责任。如有具体疑问，可直接向我咨询。