针对您提出的“乙方长期占用甲方的地基使用权归甲方所有怎样写协议”的问题，以下是一份详尽且符合法律法规的土地使用权占有权协议范例，该协议旨在明确甲乙双方在土地使用过程中的权利、义务及违约责任，确保双方的合法权益得到保障。
土地使用权占有权协议
甲方（土地使用权人）：[甲方姓名/公司名称]
乙方（占有使用方）：[乙方姓名/公司名称]
一、协议概述
基于平等、自愿原则，甲乙双方就位于[具体土地位置]的土地使用权占有事宜达成如下协议。
二、土地基本情况与占有权限
土地信息：
- 位置：[详细地址]，四至清晰界定。
- 面积：[X]平方米，以相关土地权属证书登记为准。
- 用途：[规划用途，如农业用地、工业用地或仅作非建设性使用等]。
占有权限：
- 期限：自___年_月_日起至年_月____日止。
- 范围：仅限于协议约定的土地范围，乙方不得擅自扩大使用范围。
- 方式：乙方应按照土地的规划用途合理使用，不得擅自改变用途，除非获得甲方书面同意及政府相关部门批准。
三、费用与支付方式
- 乙方应向甲方支付占有使用费，金额为每年人民币[X]元。
- 支付方式：乙方应于每年_月_日前将占有使用费支付至甲方指定账户。
- 若因不可抗力或政府行为导致乙方无法正常使用土地，双方可协商减免相应期间的费用。
四、双方权利与义务
甲方：
- 权利：收取占有使用费；监督乙方按约定使用土地；在期限届满后收回土地。
- 义务：保证对土地拥有合法使用权；协助乙方办理相关手续；不干扰乙方正常使用土地。
乙方：
- 权利：在约定期限和范围内合法占有使用土地；享受因使用土地产生的合法收益；在不可抗力情况下有权要求减免费用。
- 义务：按时支付占有使用费；按照约定用途和范围使用土地；维护和管理土地及地上附属物；承担因使用土地产生的税费和费用；若造成土地或地上附属物损坏，负责修复或赔偿。
五、违约责任
- 任何一方违反协议约定，应承担违约责任，包括支付违约金和赔偿损失。
- 具体违约条款：
- 若甲方未保证土地正常使用，应支付乙方占有使用费的[X]%作为违约金。
- 若乙方逾期支付费用，应按未支付金额的[X]%每日支付违约金。
- 若乙方违反使用方式、范围或转租转借土地，应支付甲方占有使用费的[X]%作为违约金。
六、协议变更、解除与争议解决
- 协议的变更、补充或解除须以书面形式并经双方签字盖章后生效。
- 因协议引起的任何争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成时，提交甲方所在地人民法院诉讼解决。
七、其他事项
- 本协议一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。
- 本协议自双方签字盖章之日起生效。
在签署此协议前，建议您咨询专业律师进行审核和修改，以确保协议的合法性、有效性和可执行性。希望这份协议范例能对您有所帮助。