员工拥有营业执照，一般情况下并不影响其申请劳动仲裁。以下从不同角度为你详细分析：

营业执照与劳动关系的认定

1. 劳动关系本质：劳动关系的核心在于劳动者是否接受用人单位的管理、指挥和监督，并从事用人单位安排的有报酬的劳动。营业执照只是个体工商户或企业合法经营的凭证，并不直接决定劳动关系的存在与否。
2. 不影响仲裁资格：即使员工拥有营业执照，只要其与用人单位之间存在事实上的劳动关系，且因劳动权益受到侵害而申请劳动仲裁，其仲裁资格并不会因此受到影响。

营业执照可能带来的影响及应对

1. 兼职或自主经营情况：如果员工拥有营业执照，并同时从事自主经营或兼职工作，这可能会引发用人单位对其是否全身心投入工作的质疑。然而，这并不构成用人单位违法解除劳动合同或拒绝支付劳动报酬的合法理由。员工仍可就相关劳动权益问题申请劳动仲裁。
2. 避免利益冲突：员工在拥有营业执照的同时，应确保自主经营或兼职工作不会与用人单位的利益产生冲突。例如，不得利用用人单位的资源或信息从事与用人单位相竞争的业务。否则，用人单位可能以此为由解除劳动合同，但员工仍可就违法解除等劳动权益问题申请劳动仲裁。

劳动仲裁的申请与流程

1. 申请条件：员工认为用人单位侵犯其劳动权益时，可向劳动仲裁机构申请仲裁。申请时需提交仲裁申请书、身份证明、相关证据等材料。
2. 仲裁流程：劳动仲裁机构受理申请后，会组织双方进行调解。调解不成的，会进行仲裁裁决。员工对仲裁裁决不服的，还可向人民法院提起诉讼。

实际案例与法律建议

• 实际案例：在司法实践中，不乏员工拥有营业执照但仍成功申请劳动仲裁并获得支持的案例。关键在于员工能否证明其与用人单位之间存在事实上的劳动关系，以及用人单位是否存在违法解除劳动合同、未支付劳动报酬等侵权行为。
• 法律建议：如果你拥有营业执照并在某用人单位工作，因劳动权益受到侵害而考虑申请劳动仲裁，建议先收集好相关证据，如劳动合同、工资条、工作证等，以证明你与用人单位之间的劳动关系及用人单位的侵权行为。同时，可咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

总结来说，员工拥有营业执照并不影响其申请劳动仲裁的资格。关键在于员工能否证明其与用人单位之间存在事实上的劳动关系，以及用人单位是否存在侵权行为。如果你在这方面有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。