跨区域办案不予批捕的案件，一般根据案件具体情况和证据审查结果，通过撤销案件、移送管辖或变更强制措施等方式结案。具体分析如下：
证据不足或不符合批捕条件，检察机关作出不批捕决定后，公安机关可能撤销案件
若案件经审查后，检察机关认为现有证据无法证明犯罪嫌疑人构成犯罪，或不符合逮捕的法定条件（如证据不足、无社会危险性等），会作出不批准逮捕的决定。此时，公安机关需立即释放犯罪嫌疑人，并根据《刑事诉讼法》相关规定，若认为不构成犯罪或证据不足，可能直接撤销案件，终止刑事诉讼程序。
案件存在管辖争议，可能移送有管辖权的机关处理
跨区域办案中，若案件管辖权存在争议（如犯罪地、嫌疑人居住地不明确，或多个地区均有管辖权），检察机关不批捕后，公安机关可能根据《刑事诉讼法》关于管辖的规定，将案件移送至有管辖权的司法机关处理。例如，若主要犯罪行为发生在A地，但嫌疑人户籍在B地，A地公安机关可能将案件移送至B地公安机关继续侦查。
变更强制措施为取保候审或监视居住，继续侦查后结案
若检察机关认为犯罪嫌疑人涉嫌犯罪，但无逮捕必要（如可能判处轻刑、无社会危险性等），可能不批捕并建议变更强制措施。此时，公安机关会释放犯罪嫌疑人，同时采取取保候审（要求嫌疑人提供保证人或保证金，保证随传随到）或监视居住（限制嫌疑人活动范围）等措施，继续侦查。若后续侦查中证据充分，可能移送审查起诉；若证据仍不足，可能撤销案件。
需注意：跨区域办案中，结案方式需严格遵循《刑事诉讼法》关于管辖、强制措施和证据审查的规定。若对具体案件结案方式有疑问，可直接向我咨询，我会结合案件细节提供专业分析。