公司要求查乙肝两对半是否违法，需根据具体情况来分析。以下是我从不同角度给出的详细解答：

1. 一般情况下的规定：

   • 根据劳动和社会保障部、卫生部2007年发布的《关于维护乙肝表面抗原携带者就业权利的意见》，以及后续的相关通知，用人单位在招、用工过程中，除国家法律、行政法规和卫生部规定禁止从事的工作外，不得强行将乙肝病毒血清学指标作为体检标准。
   • 这意味着，在普通的入职体检或职业健康检查中，如果公司未经员工同意就擅自要求检查乙肝两对半，那么这种行为可能是违法的，因为它侵犯了员工的隐私权等相关权利。员工有权拒绝这种非法的体检要求，并可以向相关部门投诉或寻求法律帮助。

2. 特殊职业情况下的规定：

   • 然而，对于某些特定职业，如食品生产经营、饮用水生产供应、公共场所服务、托幼机构保育等，由于这些职业直接涉及公共卫生安全，相关法律法规可能要求员工进行乙肝项目检测。
   • 在这些特定职业的入职体检中，如果公司要求检查乙肝两对半，并且这种要求是基于法律法规的明确规定，那么这种行为就是合法的。但即便如此，公司也需要确保检查过程的合法性、公正性，并严格保密检查结果，以保护员工的个人隐私权。

3. 公司应遵守的法律原则：

   • 无论在哪种情况下，公司在进行乙肝两对半检查时，都应充分尊重员工的权益，确保检查行为的合规性。
   • 如果公司确实需要进行乙肝检查，那么它应该事先征得员工的明确同意，并告知员工检查的目的、范围以及结果的保密措施。
   • 同时，公司还应建立健全的隐私保护机制，确保员工的个人信息不被泄露或滥用。

法律建议：

• 如果你作为员工，遇到了公司未经同意就要求检查乙肝两对半的情况，你可以先与公司进行沟通，了解检查的目的和依据。
• 如果沟通无果，或者你认为公司的行为侵犯了你的权益，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律帮助来维护自己的合法权益。
• 如果你作为公司方，需要了解在特定情况下是否可以要求员工进行乙肝检查，以及如何确保检查的合法性和合规性，那么你可以咨询专业的法律人士来获取具体的法律建议。

总之，公司要求查乙肝两对半是否违法，取决于具体的职业情况和相关法律法规的规定。在处理这类问题时，建议双方都保持冷静和理性，通过合法的途径来解决问题。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。