结论前置：违法捕捞案件中，若检察院不批准逮捕或不起诉，海警部门仍可能根据行政法规对违法行为人处以罚款等行政处罚，具体处理需结合案件事实和法律适用综合判断。以下是具体分析：

1. 检察院不批准逮捕/不起诉的法律后果

• 不批准逮捕：仅表明犯罪嫌疑人不存在逮捕必要性（如证据不足、社会危险性低等），不意味着案件终结。海警部门可继续侦查或转为行政处罚程序。
• 不起诉：分为法定不起诉（如情节显著轻微）、酌定不起诉（如犯罪情节轻微）和证据不足不起诉。若为法定或酌定不起诉，案件可能直接进入行政处罚阶段；若为证据不足不起诉，海警可补充证据后重新移送起诉或直接行政处罚。

2. 海警部门的处理权限

• 行政处罚权：根据《渔业法》第38条，违反禁渔区、禁渔期规定捕捞的，可没收渔获物、违法所得，并处5万元以下罚款；情节严重的，没收渔具、吊销捕捞许可证；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
• 程序衔接：若检察院认为案件不构成犯罪或无需刑事处罚，海警可依据《行政处罚法》第27条，将刑事案件转为行政案件处理，直接作出罚款等行政处罚。

3. 是否罚款的关键因素

• 违法行为性质：需区分行政违法与刑事犯罪。例如，使用禁用渔具捕捞可能同时触犯《刑法》第340条（非法捕捞水产品罪）和《渔业法》，若未达刑事立案标准，则仅受行政处罚。
• 证据充分性：海警需证明违法行为存在（如渔获物种类、数量、捕捞工具等），否则可能无法处罚。
• 从轻/减轻情节：如主动停止违法行为、配合调查等，可能影响罚款幅度。

4. 实务建议

• 若收到海警处罚决定：可申请行政复议或提起行政诉讼，重点审查处罚依据是否充分、程序是否合法。
• 若案件移送检察院后未起诉：可要求海警出具书面处理结果，确认是否转为行政处罚，避免遗漏处理。

提示：具体案件需结合捕捞方式、区域、渔获物价值等细节判断。如有相关材料（如处罚决定书、不起诉决定书），可进一步提供细节，我会为您分析法律风险及应对策略。