针对公司多艘渔船违法捕捞的情况，立案处罚的具体流程与依据主要遵循《中华人民共和国渔业法》及可能涉及的其他相关法律法规，如《中华人民共和国长江保护法》等。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

一、立案依据

1. 《中华人民共和国渔业法》：

   • 第三十八条规定，对于使用炸鱼、毒鱼、电鱼等破坏渔业资源的方法进行捕捞，违反禁渔区、禁渔期规定进行捕捞，或使用禁用的渔具、捕捞方法以及小于最小网目尺寸的网具进行捕捞，或渔获物中幼鱼超过规定比例的行为，将依法进行处罚。

2. 《中华人民共和国长江保护法》（如适用）：

   • 第八十六条规定，在长江流域水生生物保护区内从事生产性捕捞，或在长江干流和重要支流、大型通江湖泊、长江河口规定区域等重点水域禁捕期间从事天然渔业资源的生产性捕捞，将受到相应的法律制裁。

二、处罚措施

1. 没收与罚款：

   • 对于违法捕捞行为，相关部门将没收渔获物和违法所得。
   • 根据情节轻重，处以不同额度的罚款。如《渔业法》规定最高可处五万元罚款，《长江保护法》则根据情节可能处以一万元以上五十万元以下的罚款。

2. 渔具与渔船的处理：

   • 情节严重的，可能没收渔具并吊销捕捞许可证。
   • 情节特别严重的，可以没收渔船。

3. 刑事责任：

   • 如果构成犯罪，将依法追究刑事责任。

三、立案与处罚流程

1. 调查取证：

   • 相关部门将进行调查，收集证据，包括现场检查、询问当事人、查阅相关文件资料等。

2. 立案决定：

   • 根据调查取证结果，如果确认存在违法捕捞行为，将依法立案。

3. 处罚告知：

   • 向当事人告知拟作出的行政处罚决定及其事实、理由和依据，并告知当事人依法享有的权利。

4. 听证（如适用）：

   • 对于重大、复杂的案件，当事人有权要求举行听证。

5. 作出处罚决定：

   • 根据调查结果和法律规定，作出相应的行政处罚决定。

6. 执行与监督：

   • 监督当事人履行处罚决定，如缴纳罚款、没收物品的处理等。

四、建议与提醒

• 对于公司而言，应加强内部管理，确保所有渔船遵守相关法律法规，避免违法捕捞行为的发生。
• 如遇相关部门调查，应积极配合，提供必要的文件和资料，以便快速查明事实。
• 对于处罚决定，如有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

综上所述，对于公司多艘渔船违法捕捞的立案处罚，将严格依据相关法律法规进行，并根据情节轻重采取相应的处罚措施。公司应加强内部管理，确保合规经营。