针对您提出的问题，即有土地手续但没有建设工程规划许可证且存在土地超占的情况，是应该一起处罚还是单独处罚，这主要取决于具体的法律法规以及行政机关的执法实践，但一般来说，这两种违规行为可能会分别受到处罚。以下是我从不同角度为您进行的分析：

1. 法律法规角度

• 建设工程规划许可证的缺失：根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，进行工程建设必须取得建设工程规划许可证。未取得该许可证而擅自进行建设的，属于违法行为，行政机关有权责令停止建设、限期改正，并可以处以罚款等行政处罚。

• 土地超占：土地超占通常指的是实际占用的土地面积超过了批准或登记的面积。这同样违反了土地管理法律法规，如《中华人民共和国土地管理法》。对于土地超占行为，行政机关也有权进行查处，包括责令退还超占的土地、没收在超占土地上新建的建筑物和其他设施，或者处以罚款等。

2. 行政处罚实践角度

• 分别处罚的可能性：由于建设工程规划许可证的缺失和土地超占是两种不同的违法行为，它们可能分别受到不同行政机关的查处，并分别受到行政处罚。例如，规划部门可能针对未取得建设工程规划许可证的行为进行处罚，而国土资源部门则可能针对土地超占行为进行处罚。

• 合并处罚的可能性：在某些情况下，如果行政机关认为这两种违法行为存在密切的关联性，或者为了简化执法程序、提高执法效率，也可能会考虑将两种违法行为合并进行处罚。但这并不是法律上的必然要求，而是取决于行政机关的执法实践和具体案情。

3. 法律建议

• 及时补办手续：对于未取得建设工程规划许可证的情况，建议您尽快向相关部门申请补办手续，以避免进一步的法律风险和行政处罚。

• 主动退还超占土地：对于土地超占的情况，建议您主动退还超占的土地，并配合相关部门的调查和处理工作。这有助于减轻您的法律责任和行政处罚。

• 寻求专业法律帮助：由于涉及复杂的法律法规和行政程序，我建议您在处理此类问题时寻求专业的法律帮助。我可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。

总结来说，有土地手续但没有建设工程规划许可证且存在土地超占的情况，可能会分别受到行政处罚。但具体处罚方式还需根据法律法规和行政机关的执法实践来确定。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。