公司两个施工资质有效期不一致时，不可以在先到期资质续期时一起延续其他未到期的资质，但可以同时申请延续同一本证书内的所有资质（需满足条件）。具体分析如下：
一、资质延续的基本规则
根据建筑企业资质管理的相关规定，同一本资质证书内的所有资质，原则上应在有效期届满三个月前，同时申请延续。这一规则旨在确保企业资质的完整性和有效性，避免因部分资质过期而影响企业的正常经营。
二、针对您问题的具体解答
不可以单独延续先到期资质：
- 如果公司有两个施工资质，且有效期不一致，那么在先到期的资质续期时，不能单独对该资质进行延续，而忽略其他未到期的资质。因为资质证书是一个整体，部分资质的延续需要与其他资质一同考虑。
可以同时申请延续所有资质（需满足条件）：
- 如果公司希望在先到期的资质续期时，也一并处理其他未到期的资质，可以同时申请延续同一本证书内的所有资质。但前提是，所有申请延续的资质都必须满足资质标准，且公司愿意承担因此可能产生的额外费用（如评审费、证书费等）。
- 如果一本资质证书内的部分资质无法满足资质标准或公司不再需要，可以先行申请注销该类资质后，再发起延续申请。这样，公司就可以只延续那些符合标准且需要的资质。
三、操作建议
提前规划：
- 公司应提前关注各资质的有效期，制定合理的资质延续计划。避免因部分资质过期而影响企业的正常经营。
准备充分：
- 在申请资质延续前，公司应确保所有申请延续的资质都满足资质标准，并准备好相关的证明材料。
咨询专业机构：
- 如果公司在资质延续过程中遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将为您提供详细的法律指导和建议。
四、法律后果提示
- 如果公司未按照规定时间申请资质延续，或者申请延续的资质不满足资质标准，那么相关资质可能会被注销。这将影响公司的正常经营和项目承接能力。
- 因此，公司应高度重视资质延续工作，确保所有资质都得到有效管理和维护。