针对您提出的“农村发生的案件怎么处理”这一问题，特别是涉及到农村土地管理和住宅建设方面的案件，我将结合相关法律法规和政策，为您详细解答。

首先，需要明确的是，农村发生的案件种类繁多，处理方式也因案件性质而异。但针对您可能关心的农村土地管理和住宅建设方面的违法案件，如村民未经批准非法占用土地建住宅等，这类案件的处理通常遵循以下原则和流程：

一、法律法规依据

根据2020年1月1日起实施的新修订的《土地管理法》第七十八条规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门负责查处。这一规定明确了农业农村主管部门在农村土地管理和住宅建设方面的执法职责。

二、处理流程

1. 发现与举报：

   • 农村村民或相关利益方发现违法建住宅行为后，可以向属地乡镇（街道）或县级以上人民政府农业农村主管部门进行举报。

2. 立案调查：

   • 接到举报后，农业农村主管部门或乡镇（街道）综合行政执法机构会进行立案调查，核实违法事实。

3. 行政处罚：

   • 经调查确认违法事实后，农业农村主管部门或乡镇（街道）综合行政执法机构会依法作出行政处罚决定，如责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋等。

4. 执行与监督：

   • 行政处罚决定作出后，相关部门会监督违法行为的整改情况，确保处罚决定得到有效执行。

三、特殊情况处理

• 乡镇（街道）行政处罚权：

  • 根据河南省人民政府等地方政府的通知和指导目录，部分行政处罚权已赋予乡镇（街道）履行职责。因此，在具体案件中，乡镇（街道）综合行政执法机构也可能直接负责查处违法建住宅行为。

• 历史遗留问题：

  • 对于宅基地历史遗留问题，农业农村主管部门会统筹推进专项整治试点，分类确定处置政策，妥善化解相关问题。

四、建议与提醒

• 增强法律意识：

  • 农村村民应增强法律意识，遵守土地管理和住宅建设的相关法律法规，避免违法违规行为的发生。

• 积极举报与监督：

  • 发现违法建住宅行为后，应积极向相关部门举报，并监督整改情况，共同维护农村土地管理和住宅建设的良好秩序。

综上所述，农村发生的案件特别是涉及土地管理和住宅建设方面的违法案件，应由县级以上人民政府农业农村主管部门或乡镇（街道）综合行政执法机构负责查处。希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步了解相关法律法规和政策，请随时咨询。