在民事诉讼中，书记员的回避决定主体根据具体情况有所不同，但主要由审判长负责，特殊情况下由法院院长或审判委员会决定。具体分析如下：
一般原则：
- 在大多数情况下，书记员的回避由审判长决定。审判长作为案件审理过程中的核心组织者，负责指挥庭审等诉讼活动，并有权对与案件相关的程序性事项，包括书记员的回避申请，进行审查并作出决定。这一原则适用于普通民事合同纠纷案件等大多数情形。当当事人认为书记员与对方当事人存在可能影响公正的关系而提出回避申请时，审判长将对该申请进行审查并决定是否准许。
特殊情况：
- 案件审理开始前的回避申请：如果当事人在案件尚未正式进入庭审阶段就提出了书记员的回避申请，此时由于审判长可能尚未正式介入案件，或者因其他原因无法行使回避决定权，则由法院院长来决定书记员是否回避。
- 审判长自身需要回避的情形：当审判长因与案件存在利害关系或其他原因而不能行使回避决定权时，同样需要由法院院长来作出书记员是否回避的决定。
- 院长担任审判长时的回避问题：如果院长亲自担任审判长，并且出现了需要回避的情况，此时应由审判委员会来决定书记员的回避问题，以确保回避决定的公正性和权威性。
法律背景与建议：
- 回避制度是为了确保诉讼的公正、公平和独立性而设立的。当诉讼参与人认为某一审判人员或其他可能影响案件公正处理的人员与本案有利害关系时，可以提出回避申请，这是保障诉讼程序公正进行的重要机制。
- 在实际操作中，当事人应充分了解回避制度的相关规定，并在认为书记员与本案存在利害关系或其他可能影响公正审判的情形时，及时向法庭提出回避申请。同时，当事人也应尊重法庭的回避决定，配合法庭的审理工作。
可能的法律后果：
- 如果当事人提出的回避申请被法庭驳回，且当事人认为该驳回决定影响了案件的公正审理，当事人可以在法定期限内提出上诉或申请再审，以维护自己的合法权益。
- 如果书记员应当回避而未回避，且该行为影响了案件的公正审理，那么根据相关法律规定，该审理程序可能被视为违法，相关判决或裁定可能被撤销或改判。
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