结论：两家公司在投标过程中，若在标书中放入了另一家公司的证书导致废标，且单位已发函，这确实可能对企业产生多方面的影响。以下是从不同角度对此问题的详细分析。
一、法律后果
废标处理：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，投标文件必须真实、合法、有效。若在标书中放入了另一家公司的证书，这明显违反了招标文件的实质性要求，招标人有权宣布该投标为废标。
法律责任：
- 涉及伪造、变造或使用虚假证书的行为，可能构成欺诈或违反诚信原则。根据情节的严重性，相关企业或个人可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等）或刑事责任（如诈骗罪等）。
二、对企业的影响
信誉损失：
- 废标事件本身就会对企业的信誉造成负面影响。若此事被公开或传播，可能会损害企业在行业内的声誉，影响未来的业务合作和投标机会。
经济损失：
- 废标意味着企业失去了获得该项目的机会，从而可能遭受直接的经济损失（如投标保证金、准备投标文件的费用等）。
- 若因废标而引发法律纠纷，企业还需承担诉讼费用、律师费等额外支出。
业务受限：
- 废标事件可能引发招标人对企业的信任危机，导致企业在未来的投标中受到限制或排斥。
- 若涉及违法行为，企业还可能面临政府部门的监管和处罚，进一步限制其业务活动。
三、应对建议
积极沟通：
- 企业应尽快与招标人取得联系，说明情况并表达歉意。同时，积极寻求解决方案，如重新提交符合要求的投标文件等。
法律审查：
- 企业应对此次事件进行全面的法律审查，评估可能面临的法律责任和风险。必要时，可聘请专业律师提供法律意见和协助。
加强内部管理：
- 企业应加强对投标文件的审核和管理，确保投标文件的真实性和合法性。同时，加强对员工的培训和教育，提高其法律意识和诚信意识。
公开透明处理：
- 若废标事件已引起公众关注或媒体报道，企业应保持公开透明的态度，及时发布相关信息和进展情况，以维护企业的形象和信誉。
后续行动建议：企业应立即停止任何可能进一步损害信誉或引发法律责任的行为，并积极采取措施进行补救和整改。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。