土地承包经营权转让合同被确认无效后，确实可以申请赔偿。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同无效的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。若土地承包经营权转让合同因违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗等原因被确认无效，那么该合同自始不产生法律效力。
二、赔偿的法律依据及条件
过错责任原则：
- 根据《民法典》第一百五十七条，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 在土地承包经营权转让合同无效的情况下，如果一方存在过错（如故意隐瞒重要事实、提供虚假信息等），导致合同被确认无效，那么过错方应当赔偿对方因此遭受的损失。
赔偿范围：
- 赔偿范围通常包括直接损失和间接损失。直接损失是指因合同无效而直接导致的财产减少或支出增加，如已支付的转让款、因准备履行合同而产生的费用等。
- 间接损失则是指因合同无效而错失的预期利益，如因合同有效本可获得的收益等。但需要注意的是，间接损失的赔偿通常需要满足一定的条件，如可预见性、确定性等。
三、申请赔偿的流程及注意事项
收集证据：
- 在申请赔偿前，需要收集充分的证据来证明自己的损失以及对方的过错。这包括合同文本、交易记录、沟通记录、鉴定报告等。
协商或诉讼：
- 可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成赔偿协议。如果协商不成，可以向人民法院提起诉讼，要求对方赔偿损失。
注意诉讼时效：
- 根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，在发现合同无效并遭受损失后，应及时行使权利，避免超过诉讼时效期间。
四、特殊情况下的赔偿问题
双方均有过错：
- 如果双方在合同签订过程中均存在过错，那么应当根据各自的过错程度承担相应的责任。这种情况下，赔偿的金额和方式可能需要通过协商或诉讼来确定。
合同部分无效：
- 如果合同只是部分无效，而其他部分仍然有效，那么需要根据无效部分对整体合同的影响程度来确定赔偿的范围和金额。
建议：在处理此类纠纷时，务必保持冷静，及时收集证据，并咨询专业律师（即我本人，黄海律师，专注于涉外婚姻、房产纠纷、国际贸易、经济犯罪领域）以获取更具体的法律建议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。