挂靠资质合同在大多数情况下是无效的，但具体效力需根据案件实际情况及法律后果来判断。针对您提出的“资质挂靠，工程完工，款也付清，那原合同是否无效”的问题，我将从以下几个方面进行详细分析：
一、挂靠资质合同的法律效力
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。挂靠资质行为违反了关于企业资质管理的强制性规定。
- 《中华人民共和国建筑法》第二十六条明确规定，承包建筑工程的单位应持有依法取得的资质证书，并禁止以任何形式允许其他单位或个人使用本企业的资质证书、营业执照承揽工程。
- 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条第二款也确认，没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义签订的建设工程施工合同无效。
合同无效情形：
- 当挂靠方仅作为名义被借用来承揽工程，并未实际参与施工时，此类挂靠行为显然无效，双方签订的挂靠协议也必然无效。这是因为该行为违反了法律的强制性规定，且可能损害公共利益。
二、工程完工且款已付清对合同效力的影响
合同效力需具体情况分析：
- 即便工程已经完工且款项已经付清，这并不改变挂靠资质合同本身的违法性。合同的效力取决于其签订时的合法性和合规性，而非后续的执行情况。
- 若挂靠方实际参与了工程施工，如自行组织施工队伍、自筹资金、自主经营、自负盈亏，而被挂靠方仅起到办理招投标、签订合同及相关手续的作用，则挂靠协议的效力需根据案件具体情况来判断。但无论如何，挂靠行为本身都是违法的。
法律后果：
- 如建设工程已竣工验收合格，挂靠方请求参照合同约定支付工程价款的，一般应予支持。这是基于公平原则，对实际施工人的合法权益进行保护。但需要注意的是，这种支持并不意味着合同本身有效，而是出于对实际施工人劳动成果的尊重和保护。
- 如建设工程出现质量问题或造成损失，发包人有权要求被挂靠方和挂靠方承担连带责任。这是因为挂靠行为本身存在违法性，且双方均对工程质量负有责任。
三、建议与风险提示
严格遵守法律法规：
- 企业和个人应严格遵守相关法律法规，避免采用挂靠方式承揽工程。挂靠行为不仅可能导致合同无效，还可能引发一系列的法律风险和经济纠纷。
合法合规承揽工程：
- 建议通过合法合规的方式承揽工程，如具备相应的资质条件并依法参与招投标活动。这样不仅可以确保合同的合法性和有效性，还可以降低法律风险和经济纠纷的发生概率。
及时咨询专业律师：
- 如果您在工程承揽或合同签订过程中遇到任何法律问题或疑虑，建议及时咨询专业律师。作为专注于离婚、刑事辩护、合同纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律意见和帮助。
总结来说，挂靠资质合同因其违反法律强制性规定及可能损害公共利益而通常被视为无效。即便工程已经完工且款项已经付清，这并不改变合同本身的违法性。因此，建议企业和个人严格遵守相关法律法规，避免采用挂靠方式承揽工程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。