工厂因员工请假扣钱是否合法，需分情况判断：
员工请事假：
- 通常事假期间员工未提供劳动，工厂按照相应规定扣除请假期间工资是合法的。工厂可依据劳动合同和规章制度，按日工资标准扣除请假天数对应的工资。例如，员工月工资固定，请假一天，工厂扣除日工资数额，这种扣钱方式合理合法。
员工请病假：
- 依据相关法律，员工患病或非因工负伤治疗期间，在规定医疗期内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。该费用可以低于当地最低工资标准支付，但不得低于最低工资标准的一定比例（通常为80%）。若工厂在员工合法病假期间全额扣钱，则不合法。
员工请法定假：
- 如婚假、产假、丧假等法定假期，是员工依法享有的权益，工厂不应扣钱。若工厂扣钱，就违反了法律规定。
若员工认为工厂扣钱不合法，可采取以下措施：
- 与工厂协商：首先尝试与工厂进行沟通，明确表达自己的诉求和理由，寻求双方都能接受的解决方案。
- 申请劳动仲裁：若协商不成，员工可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁申请中，需明确阐述工厂扣钱的具体情况、自身诉求以及相关证据，如劳动合同、工资条、请假条等。仲裁委将根据相关法律法规和证据进行裁决。
- 提起诉讼：若对仲裁结果不满意，员工可在规定时间内向法院提起诉讼。法院会根据事实和法律进行审理，并作出判决。
在实际操作中，员工和工厂都应严格遵守相关法律法规和劳动合同约定。工厂在制定和执行规章制度时，应确保其合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。员工在请假时，也应按照工厂的规定和流程进行申请，并提供必要的证明材料。
最后，建议员工在遇到工厂扣钱等劳动纠纷时，及时咨询专业律师或相关机构，以获取更准确的法律建议和帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。